Собери станок ру: СОБЕРИЗАВОД. Конструкционный алюминиевый профиль.

Мы запускали SPAdes с параметрами по умолчанию, используя 16 потоков на сервере с Intel Xeon 2.Процессоры 27 ГГц и жесткий диск SSD. BayesHammer работает примерно за полчаса и требует до 8 ГБ ОЗУ для исправления ошибок чтения для каждого набора данных. Сборка занимает около 10 минут для набора данных изолята E. coli и 20 минут для набора данных одноклеточной E. coli . Оба набора данных требуют около 8 ГБ ОЗУ (см. Примечания ниже). MismatchCorrector работает около 15 минут с обоими наборами данных и требует менее 2 ГБ ОЗУ. Всем модулям также требуется дополнительное дисковое пространство для хранения результатов (исправленные чтения, контиги и т. Д.) И временных файлов.См. Более точные значения в таблице ниже.

SPAdes требует, чтобы на нем была предварительно установлена ​​64-разрядная система Linux или Mac OS и Python (поддерживаемые версии: Python2: 2.4–2.7 и Python3: 3.2 и выше). Для получения SPAdes вы можете либо загрузить двоичные файлы, либо загрузить исходный код и скомпилировать его самостоятельно.

Чтобы загрузить двоичные файлы SPAdes Linux и распаковать их, перейдите в каталог, в котором вы хотите установить и запустить SPAdes:

В этом случае вам не нужно запускать какие-либо сценарии установки — SPAdes готов к использованию.Следующие файлы будут помещены в каталог bin :

Мы также предлагаем добавить каталог установки SPAdes в переменную PATH .

Чтобы получить двоичные файлы SPAdes для Mac, перейдите в каталог, в котором вы хотите установить и запустить SPAdes:

Как и в Linux, SPAdes готов к использованию, и никаких дополнительных действий по установке не требуется. Вы получите те же файлы в каталоге bin :

Мы также предлагаем добавить каталог установки SPAdes в переменную PATH .

Если вы хотите скомпилировать SPAdes самостоятельно, вам потребуются предустановленные следующие библиотеки:

SPAdes будет построен в каталоге ./bin . Если вы хотите установить SPAdes в другой каталог, вы можете указать полный путь к целевой папке, выполнив следующую команду в bash или sh :

который установит SPAdes в / usr / local / bin .

После установки вы получите такие же файлы в ./ bin (или <каталог-назначения> / bin , если вы указали PREFIX) каталог:

Мы также предлагаем добавить каталог установки SPAdes в переменную PATH .

Для целей тестирования SPAdes поставляется с набором игрушечных данных (считывает, что соответствует первым 1000 п.н. E. coli ). Чтобы попробовать SPAdes на этом наборе данных, запустите:

Если установка прошла успешно, в конце журнала вы найдете следующую информацию:

SPAdes принимает в качестве входных данных чтения с парного конца, сопряженные пары и одиночные (непарные) чтения в FASTA и FASTQ.Для данных IonTorrent SPAdes также поддерживает непарные чтения в несопоставленном формате BAM (например, в формате, создаваемом Torrent Server). Однако, чтобы запустить исправление ошибок чтения, чтение должно быть в формате FASTQ или BAM. Чтения Sanger, Oxford Nanopore и PacBio CLR могут быть предоставлены в обоих форматах, поскольку SPAdes не выполняет исправление ошибок для этих типов данных.

Библиотеки Illumina и IonTorrent не должны собираться вместе. Все остальные типы входных данных совместимы. SPAdes не следует использовать, если доступны только PacBio CLR, Oxford Nanopore, чтения Сэнгера или дополнительные контиги.

SPAdes поддерживает сборку только сопряженной пары. Однако в этом случае мы рекомендуем использовать только высококачественные библиотеки парных сопряжений (например, у которых нет парной части). Мы тестировали конвейер только с сопряженными парами, используя пары сопряжений Illumina Nextera. Подробнее см. Здесь.

Текущая версия SPAdes также поддерживает библиотеки Lucigen NxSeq® Long Mate Pair, которые всегда имеют прямую-обратную ориентацию. Если вы хотите использовать чтение Lucigen NxSeq® Long Mate Pair, вам понадобится библиотека регулярных выражений Python, которая будет предварительно установлена ​​на вашем компьютере.Вы можете установить его с помощью Python pip-installer:

Используя интерфейс командной строки, вы можете указать до девяти различных библиотек сопряженных пар, до девяти библиотек сопряженных пар, а также до девяти высококачественных библиотек сопряженных пар. Если вы хотите использовать больше, вы можете использовать файл набора данных YAML. Мы также называем библиотеки парных и сопряженных пар просто как библиотеки пар чтения.

По умолчанию SPAdes предполагает, что чтение парных и высококачественных пар сопряжений имеет ориентацию вперед-назад (fr), а обычные пары сопряжений имеют ориентацию назад-вперед (rf).Однако с помощью опций SPAdes можно установить различную ориентацию для любой библиотеки.

Чтобы различать чтения в парах, мы называем их левым и правым чтением. Для прямой-обратной ориентации прямое чтение соответствует левому чтению, а обратное чтение — правому. Точно так же в ориентации назад-вперед левое и правое чтение соответствуют обратному и прямому чтению соответственно и т. Д.

Каждая библиотека пары чтения может храниться в нескольких файлах или нескольких парах файлов.Парные чтения можно организовать двумя способами:

Например, Illumina производит парное чтение в двух файлах: s_1_1_sequence.txt и s_1_2_sequence.txt . Если вы выбрали сохранение чтений в парах файлов, убедитесь, что для каждого чтения из s_1_1_sequence.txt соответствующее парное чтение из s_1_2_sequence.txt помещается в соответствующий парный файл с тем же номером строки. Если вы решите использовать объединенные файлы, каждое чтение из s_1_1_sequence.txt должно сопровождаться соответствующим парным чтением из s_1_2_sequence.txt .

Используя интерфейс командной строки, вы можете указать до девяти различных одноразовых библиотек. Чтобы ввести больше библиотек, вы можете использовать файл набора данных YAML.

Предполагается, что одиночные библиотеки имеют высокое качество и разумный охват. Например, вы можете предоставить функции чтения PacBio CCS как библиотеку для однократного чтения. Кроме того, если вы объединили библиотеку с парным концом с перекрывающимися парами чтения (например, с помощью FLASh), вы можете предоставить результирующие чтения как библиотеку для однократного чтения.

Обратите внимание, что вы не должны указывать PacBio CLR, чтения Sanger или дополнительные контиги как библиотеки однократного чтения, для каждой из них есть отдельная опция.

SPAdes может принимать на вход неограниченное количество библиотек PacBio и Oxford Nanopore.

Считывания PacBio CLR и Oxford Nanopore используются для гибридных сборок (например, с Illumina или IonTorrent). Нет необходимости в предварительной корректировке таких данных. SPAdes будет использовать чтение PacBio CLR и Oxford Nanopore для закрытия пропусков и разрешения повторов.

Для PacBio вам просто нужно иметь отфильтрованные подприятия в формате FASTQ / FASTA. Предоставьте эти отфильтрованные подпотоки с помощью параметра --pacbio . Показания Oxford Nanopore предоставляются с опцией --nanopore .

PacBio CCS / чтения вставки чтения или предварительно исправленные (с использованием стороннего программного обеспечения) PacBio CLR / Oxford Nanopore чтения могут быть просто предоставлены как одиночные чтения для SPAdes.

Если у вас есть контиги одного и того же генома, сгенерированные другим ассемблером (ами), и вы хотите объединить их в сборку SPAdes, вы можете указать дополнительные контиги, используя --trusted-contigs или --untrusted-contigs .Первый вариант используется, когда доступны контиги высокого качества. Эти контиги будут использоваться для построения графа, закрытия пробелов и разрешения повторов. Второй вариант используется для менее надежных контигов, которые могут иметь больше ошибок или контигов неизвестного качества. Эти контиги будут использоваться только для закрытия разрыва и разрешения повторов. Количество дополнительных контигов не ограничено.

Обратите внимание, что SPAdes не выполняет сборку с использованием геномов близкородственных видов. Следует указывать только контиги одного генома.

-o
Укажите выходной каталог. Обязательный вариант.

--sc
Этот флаг требуется для данных MDA (одноклеточные).

--meta (то же, что и metaspades.py )
Этот флаг рекомендуется при сборке наборов метагеномных данных (запускает metaSPAdes, подробности см. В документе). В настоящее время metaSPAdes поддерживает только одну библиотеку , которая должна быть парно-конечной (мы надеемся вскоре снять это ограничение).Не поддерживает осторожный режим (исправление рассогласования недоступно). Кроме того, вы не можете указать ограничение покрытия для metaSPAdes. Обратите внимание, что metaSPAdes могут быть очень чувствительны к присутствию технических последовательностей, оставшихся в данных (особенно считывания адаптеров), пожалуйста, запустите контроль качества и предварительно обработайте свои данные соответствующим образом.

--plasmid (то же, что и plasmidspades.py )
Этот флаг требуется при сборке только плазмид из наборов данных WGS (запускает плазмиды SPAdes, подробности алгоритма см. В документе).Обратите внимание, что плазмидные SPAdes несовместимы с metaSPAdes и одноклеточным режимом. Кроме того, мы не рекомендуем запускать плазмидные SPAdes более чем на одной библиотеке. См. Раздел 3.6 для получения подробной информации о выходных данных плазмидных SPAdes.

--rna (то же, что и rnaspades.py )
Этот флаг следует использовать при сборке наборов данных RNA-Seq (запускает rnaSPAdes). Чтобы узнать больше, см. Руководство по rnaSPAdes.

--iontorrent
Этот флаг требуется при сборке данных IonTorrent.Позволяет использовать файлы BAM в качестве входных. Перед использованием этой опции внимательно прочтите раздел 3.3.

-h (или --help )
Выводит справку.

-v (или --version )
Выводит версию SPAdes.

--12
Файл с чередованием прямого и обратного парного чтения.

-1 <имя_файла>
Файл с прямым чтением.

-2 <имя_файла>
Файл с обратным чтением.

-s <имя_файла>
Файл с непарными чтениями.

--s <#>
Файл для номера библиотеки однократного чтения <#> ( <#> = 1,2, .., 9). Например, для первой библиотеки с парным концом опция: --s1 <имя_файла>
Не используйте параметры -s для однократных библиотек, поскольку они определяют непарные чтения для первой библиотеки с парным концом.

--pe <#> -12
Файл с чересстрочным чтением для парного номера библиотеки <#> ( <#> = 1,2, .., 9 ). Например, для первой библиотеки с однократным чтением вариант: --pe1-12 <имя_файла>

--pe <#> -1
Файл с левыми чтениями для парного номера библиотеки <#> ( <#> = 1,2 ,.., 9).

--pe <#> -2
Файл с правом чтения для парного номера библиотеки <#> ( <#> = 1,2, .., 9 ).

--pe <#> -s
Файл с непарными чтениями из библиотеки с парным концом номер <#> ( <#> = 1,2, .., 9 )
Например, парные чтения могут стать несопряженными во время процедуры исправления ошибок.

--pe <#> -
Ориентация чтения для парного номера библиотеки <#> ( <#> = 1,2, .., 9 ; = «fr», «rf», «ff»).
Ориентация по умолчанию для парных библиотек — вперед-назад. Например, чтобы указать ориентацию в обратном направлении для второй библиотеки с парным концом, вы должны использовать флаг: --pe2-RF

--mp <#> -12
Файл с чересстрочным чтением для номера библиотеки пары сопряжений <#> ( <#> = 1,2 ,.., 9).

--mp <#> -1
Файл с левыми чтениями для номера библиотеки пары сопряжений <#> ( <#> = 1,2, .., 9 ).

--mp <#> -2
Файл с правом чтения для номера библиотеки пары сопряжений <#> ( <#> = 1,2, .., 9 ).

--mp <#> -
Ориентация чтения для номера библиотеки пары сопряжений <#> ( <#> = 1,2 ,.., 9; = «fr», «rf», «ff»).
Ориентация по умолчанию для библиотек сопряженных пар — обратная прямая. Например, чтобы указать ориентацию вперед-вперед для библиотеки первой пары сопряжений, вы должны использовать флаг: --mp1-ff

--hqmp <#> -12
Файл с чересстрочным чтением для высококачественной библиотеки пар сопряжений номер <#> ( <#> = 1,2 ,.., 9).

--hqmp <#> -1
Файл с левыми чтениями для высококачественной библиотеки парных сопряжений номер <#> ( <#> = 1,2 ,. ., 9).

--hqmp <#> -2 <имя_файла>
Файл с правом чтения для высококачественной библиотеки пар сопряжений номер <#> ( <#> = 1,2 ,. ., 9).

--hqmp <#> -s
Файл с непарными чтениями из высококачественной библиотеки парных сопряжений номер <#> ( <#> = 1,2 ,. ., 9)

--hqmp <#> -
Ориентация чтения для высококачественной библиотеки парных сопряжений номер <#> ( <#> = 1,2 ,.., 9; = «fr», «rf», «ff»).
По умолчанию для высококачественных библиотек пар сопряжений используется прямая-обратная ориентация. Например, чтобы указать ориентацию в обратном направлении для первой высококачественной библиотеки пар сопряжений, вы должны использовать флаг: --hqmp1-rf

--nxmate <#> -1
Файл с левыми чтениями для пары Lucigen NxSeq® Long Mate Pair номер <#> ( <#> = 1,2 ,.., 9).

--nxmate <#> -2
Файл с правом чтения для пары длинных сопряжений Lucigen NxSeq® номер <#> ( <#> = 1,2 ,. ., 9).

--pacbio
Файл с PacBio CLR читает. Для чтения PacBio CCS используйте опцию -s . Более подробная информация о чтениях PacBio представлена ​​в разделе 3.1.

--nanopore
Файл с Oxford Nanopore читает.

--trusted-contigs
Надежные контиги одного и того же генома, которые, вероятно, не будут иметь неправильных сборок и небольшого количества других ошибок (например, несовпадений и нестыковок). Эта опция не предназначена для контигов родственных видов.

--untrusted-contigs
Контиги одного генома, качество которых среднее или неизвестное. Можно использовать контиги низкого качества, но это может привести к ошибкам при сборке.Этот вариант также не предназначен для контигов родственных видов.

Альтернативный способ указать набор входных данных для SPAdes — создать файл набора данных YAML. Используя файл YAML, вы можете предоставить неограниченное количество парных, сопряженных и непарных библиотек. По сути, файл набора данных YAML представляет собой текстовый файл, в котором библиотеки ввода представлены в виде списка, разделенного запятыми, в квадратных скобках. Каждая библиотека заключена в фигурные скобки в виде списка атрибутов, разделенных запятыми. Доступны следующие атрибуты:

Чтобы правильно указать библиотеку, вы должны указать ее тип и хотя бы один файл с чтениями.Ориентация — необязательный атрибут. Его значение по умолчанию — «fr» (вперед-назад) для парных библиотек и «rf» (назад-вперед) для библиотек сопряженных пар.

Значение каждого атрибута указывается после двоеточия. Списки файлов, разделенных запятыми, следует приводить в квадратных скобках. Для каждого файла вы должны указать его полный путь в двойных кавычках. Убедитесь, что файлы с правым чтением даны в том же порядке, что и соответствующие файлы с левым чтением.

Например, если у вас есть одна библиотека с парным концом, разделенная на две пары файлов:

После того, как вы создали файл YAML, сохраните его с .yaml (например, my_data_set.yaml ) и запустите SPAdes, используя параметр --dataset :
--dataset <ваш файл YAML>

Дополнительные параметры

-t (или --threads )
Количество потоков. Значение по умолчанию — 16.

-m (или --memory )
Установить лимит памяти в Гб. SPAdes завершает работу, если достигает этого предела.Значение по умолчанию — 250 Гб. Фактический объем потребляемой оперативной памяти будет ниже этого предела. Убедитесь, что это значение подходит для данной машины. SPAdes использует предельное значение для автоматического определения размеров различных буферов и т. Д.

--tmp-dir
Установить каталог для временных файлов для исправления ошибок чтения. Значение по умолчанию — / corrected / tmp .

-k
Разделенный запятыми список используемых размеров k-мер (все значения должны быть нечетными, меньше 128 и перечисляться в порядке возрастания).Если установлен --sc , значения по умолчанию 21,33,55. Для наборов данных с несколькими ячейками K значения автоматически выбираются с использованием максимальной длины чтения (подробности см. В примечании по сборке длинных парных считываний Illumina). Чтобы правильно выбрать значения K для данных IonTorrent, прочтите раздел 3.3.

--cov-cutoff
Считать значение отсечки покрытия. Должно быть положительное значение с плавающей запятой, либо «авто», либо «выключено». Значение по умолчанию — «выключено». Если установлено значение «auto», SPAdes автоматически вычисляет порог покрытия, используя консервативную стратегию.Обратите внимание, что этот параметр не поддерживается в metaSPAdes.

--phred-offset <33 или 64>
Смещение качества PHRED для входных чтений может быть 33 или 64. Оно будет обнаружено автоматически, если оно не указано.

Спаривающиеся дрожжевые клетки используют сайт внутренней полярности для сборки машины слежения за градиентом феромона | Журнал клеточной биологии

Штаммы дрожжей, использованные в этом исследовании, перечислены в таблице S1.Если не указано иное, они были получены путем трансформации штамма 15Dau ( MAT a ade1 his2 leu2-3, -112 trp1 ura3 Δ), который является родственным штамму BF264-15D (Reed et al., 1985) . Штамм XWY065 был получен путем интеграции LHP1921, разрезанного HpaI, в штамм DSY129. Штамм XWY096 был получен путем интеграции MCB003, разрезанного HpaI, в DSY129. Штаммы XWY086 и XWY097 были получены путем интеграции BamHI-разрезанных XWB087 и XWB097, соответственно, в штамм XWY065. Фрагмент ДНК для маркировки in situ FAR1-GFP был амплифицирован с помощью ПЦР из pFA6A-GFP (S65T) — kanMX6 с олигомерами 5′-GCA GCA AAG AAT TCA TCA GAC CCT GGA AGT TCC CAA CCTCAG TAA AGG AGA AGA ACT TTT C-3 ‘и 5’-GAA AAG CAA AAG CCT CGA AAT ACG GGC CTC GAT TCC CGA ACT AGAC AGC AGT ATA GCG ACC AG-3 ‘, в котором подчеркнутые последовательности направляют рекомбинацию на 3’-конце гена FAR1 .Штамм BBY009 был создан с помощью GFP-метки FAR1 in situ в штамме DSY129 с использованием фрагмента ПЦР, описанного выше. Фрагмент ДНК для мечения SST2 с помощью GFP in situ был амплифицирован с помощью ПЦР из pFA6A-GFP с олигомерами 5′-CAA AGA TGC TAG CGC TTT AAT AGA AAT CCA AGA AAA GTG CAGT AAA GGA GAA GAA CTT TTC-3 ‘и 5’-GTG CAA TTG TAC CTG AAG ATG AGT AAG ACT CTC AAT GAA AGAC AGC AGT ATA GCG ACC AG-3 ‘, в котором подчеркнутые последовательности направляют рекомбинацию на 3’-конце гена SST2 .Штамм BSY008 был создан с помощью GFP-метки SST2 in situ в штамме DSY129 с использованием описанного выше фрагмента ПЦР. Фрагмент ДНК для мечения SPA2 RFP in situ был амплифицирован с помощью ПЦР из XWB087 с олигомерами 5′-GTT TGA AGG ACG AAA TAA ATT ATT TGA ATT CGA AGT TGA AGATG GTT TCA AAA GGT GAA GAA G-3 ‘и 5’-CTT TGT CTT CCT TTT CTT TCT CCT CTA GAT ACT ACT AACTTT CAA TTC AAT TCA TCA TTT TTT TTT TAT TC-3 ‘, в котором подчеркнутые последовательности направляют рекомбинацию на 3’-конце гена SPA2 .Штаммы XWY105, XWY108, XWY137, BBY015 и BSY031 были созданы путем RFP-тегирования SPA2 in situ в штаммах XWY096, XWY065, DSY129, BBY009 и BSY008, соответственно, с использованием описанного выше фрагмента ПЦР. Штаммы XWY109 и XWY114 были получены путем интеграции DLB3784 и DLB3850, разрезанных на Cla1, соответственно, в штамм XWY096. Штамм XWY117 был получен путем интеграции разрезанного BamHI XWB043 в штамм XWY096. Штамм XWY147 был получен путем интеграции разрезанного BamHI XWB125 в штамм XWY137. Фрагмент ДНК для far1 ^H7 -GFP был амплифицирован с помощью ПЦР из pFA6a-GFP (S65T) — kanMX6 с олигомерами 5′-TTC GCA ACG CCG CAT GAC TCC ATT GAA CGC TAG CAT TAA GAGT AAA GGA GAA GAA CTT TTC-3 ‘и 5’-GAA AAG CAA AAG CCT CGA AAT ACG GGC CTC GAT TCC CGA ACT AGAC AGC AGT ATA GCG ACC AG-3 ‘, в котором подчеркнутые последовательности направляют рекомбинацию, так что GFP вставлен после FAR1 кодона 756.Штамм BBY019 был получен путем интеграции указанного выше фрагмента ДНК в DSY129. bud1 Δ фрагмент амплифицировали с помощью ПЦР из YIplac211 с олигомерами 5′-ATG AGA GAC TAT AAA TTA GTA GTA TTG GGT GCT GGT GGTGCC AGC TTT TCA ATT CAA TTC-3 ‘и 5’-ACT ATA GAA TAG TGC AAG TGG AAG CGT TTT TCT TCT TTT TTTA GTT TTG CTG GCC GCA TC -3 ‘, в котором подчеркнутые последовательности направляют рекомбинацию на 5′- и 3’-конце гена BUD1 соответственно. Штамм XWY121 был получен путем замены гена BUD1 фрагментом ПЦР, описанным выше в штамме XWY065.Все геномные модификации были подтверждены секвенированием (Core Sequencing Core Иллинойского университета в Чикагском научно-исследовательском центре).