Структура чоп схема: Структура ЧОП | Jobmens.ru

Содержание

Структура ЧОП | Jobmens.ru

Когда мы слышим о сфере охраны и безопасности, первая мысль возникает о том, что эта сфера состоит только из охранников. Но это не так: охранная отрасль в России очень хорошо развита и в ней задействованы тысячи и тысячи сотрудников разных специальностей. Предлагаю рассмотреть профессии этой отрасли на примере стандартной  структуры организации частного охранного предприятия:Частное охранное предприятие, как правило, состоит из 6 департаментов:РуководствоОтдел персоналаДепартамент охраныДепартамент развитияДепартамент юридической и правовой защитыБухгалтерский отделВ приведенной выше схеме отдел персонала не случайно находится в центре – потому что отдел кадров является самым важным ресурсом, необходимый для функционирования всех остальных департаментов. Собственно, для любой организации наличие грамотно подобранного персонала определяет успешность работы всей организации, но в охранной сфере это особенно замечается.Как мы видим в структуре, специфику частного охранного предприятия определяет только наличие департамента охраны.Нормальная работа департамента охраны в частной охранной организации полностью зависит от наличия в составе отдела таких профессий, как руководитель департамента охраны – специалист, который полностью курирует всю охранную деятельность, осуществляемую ЧОП. В подчинении у руководителя этого департамента находятся:Начальник объектов – полностью отвечает за работу охраны на объектах, назначает начальников смены, определяет порядок работы охраны на объектахИнспектор охраны – поддерживает установленные режимы охраны на объектах, следит за безопасностью на территории объекта, курирует начальников сменыНачальник смены охраны – в обязанностях: охрана объекта, руководство сменой, разрешение внештатных ситуацийОхранник – специалист, имеющий удостоверение и право на осуществление охранной деятельности, осуществляющий охрану объектаКонтролера, как правило, можно встретить в магазинах и супермаркетах, и это не случайно: специалист контроля выполняет те же самые базовые функции, что и у охранника, но с некоторыми отступлениями. Он должен знать кассовый аппарат и принципы его работы, а так же знать ассортимент товара, чтобы уметь по чеку определить наличие правонарушения в магазинеВахтер –человек, осуществляющий дежурную деятельность на объекте.Остальные департаменты или отделы характерны, в принципе, для любой организации. Но есть одно большое «НО».Дело в том, что, как правило, подобрать юриста или бухгалтера в ЧОП – задача не из простых, потому что бухгалтер в охранной сфере должен объединять в себе и бухгалтерские, и экономические функции – расчета и планирования расхода средств. А юрист в ЧОПе должен скорее исполнять обязанности юрисконсульта – специалиста по соблюдению правовых взаимоотношений характерных для сферы охраны и безопасности. Менеджеры по развитию и рекламе должны знать особенности целевой аудитории ЧОПов, чтобы уметь правильно распространять информацию в этой сфере.Поэтому устроиться на работу в ЧОП на должность юриста, менеджера или бухгалтера – сложно, как правило,  для этого требуется наличие немалого опыта работы и специфических знаний.

Что такое ЧОП (частное охранное предприятие) и какова их деятельность

«ЧОП» расшифровывается как «частное охранное предприятие». В качестве данной структуры могут выступать общества с ограниченной ответственностью (ООО), если в их уставе указаны виды деятельности, связанные с обеспечением безопасности жизни, имущества, здоровья и прочего.


Если ООО выбирает в качестве своей деятельности охрану, оно лишается возможности заниматься какой-либо экономической деятельностью: обеспечение безопасности – единственное направление деятельности.

ОХРАННАЯ ДЕЯТЕЛЬНОСТЬ ЧОП

Под охранной деятельностью понимается оказание на договорной основе лицензированных услуг, направленных на защиту интересов своих клиентов.

ЧОП могут оказывать следующие виды услуг:

СОТРУДНИКИ ЧОП


Служащие охранного предприятия – это специалисты, имеющие профессиональную подготовку, подтвержденную сдачей квалификационного экзамена. Им выдается удостоверение частного охранника, только при наличии которого они могут работать.

Охранник работает по трудовому договору с частной охранной организацией, поэтому его деятельность регулируется трудовым законодательством. Он получает свое удостоверение всего на пять лет. Продление удостоверения может быть осуществлено только после повышения квалификации.

Охранником в России не могут быть лица, не являющиеся гражданами РФ, не достигшие 18 лет, недееспособные или с ограниченной дееспособностью. А также граждане, имеющие заболевания, препятствующие охранной деятельности, лица, имеющие судимость, обвиняемые в преступлении, не прошедшие проверку, уволенные с государственной службы.

ЛИЦЕНЗИЯ ЧОП


Как говорилось ранее, деятельность охранных предприятий может быть только лицензированной. Лицензирование осуществляет МВД Российской Федерации.

Лицензия выдается на 5 лет, но она может быть продлена. Пакет документов для получения лицензии рассматривается в течение 60 дней.

Чтобы частное охранное предприятие смогло получить лицензию, оно должно соответствовать определенным требованиям:

  • Должен заключаться письменный договор с каждым из клиентов. Оформленный документ должен быть в соответствии с законодательством, регламентирующим охранную деятельность.
  • У работников ЧОП должна быть соответствующая квалификация, соответствующая требованиям законодательства нашей страны. Уровень подготовки должен быть подтвержден удостоверением охранника.
  • ЧОП должно соблюдать все требования правовых актов РФ, регламентирующих деятельность охранных предприятий.

Даже после получения лицензии государство может проводить контроль за деятельностью ЧОП с целью определения соответствия этой деятельности законодательству.

Что же такое ЧОП | Охрана, безопасность в Хабаровске

Даже краткое путешествие по страницам охранных предприятий убеждает, что сегодняшняя охрана – мощная индустрия, использующая в своей деятельности разнообразные комбинации применения спецтехники, профессионализма своих сотрудников и охранных технологий.

И символ сегодняшней охраны далеко не бабуля в тулупе с берданкой, и даже не «секьюрити» в черном «броннике», а небольшая наклейка на стекле супермаркета с надписью: «Охрану этого объекта осуществляет…». Этого вполне достаточно чтобы понять, что и секьюрити где-то неподалеку, и видеонаблюдение ведется, и группа быстрого реагирования не дремлет.

Конечно, каждое охранное предприятие специализируется на одном или нескольких видах охранной деятельности, поскольку, скажем, сопровождение и охрана грузов при транспортировке, и поддержание порядка на массовых мероприятиях требует абсолютно разных подходов. Но любой потенциальных заказчик, нуждающийся в услугах охранного бюро, без особого труда сможет подобрать себе агентство нужного профиля.
      
Охрана ЧОП – не замкнутая, оторванная от жизни структура. Сотрудники охранных агентств, как правило, люди, прошедшие службу в армии, в правоохранительных органах, обладающие обостренным чувством справедливости. Кто из нас не был свидетелем того, что зарвавшийся хулиган или дебошир сразу «сбавляет обороты», как только увидит сотрудника ЧОП.

Даже краткое путешествие по страницам охранных предприятий убеждает, что сегодняшняя охрана – мощная индустрия, использующая в своей деятельности разнообразные комбинации применения спецтехники, профессионализма своих сотрудников и охранных технологий.

 
     Многие региональные управления правоохранительных органов давно сотрудничают с охранными агентствами по поддержанию общественного порядка, по поиску опасных преступников или пресечению противоправных действий.

Деятельность ЧОП подлежит обязательному лицензированию органами внутренних дел (ОЛРР МВД). Руководителям охранных предприятий, а также охранникам, не разрешается совмещать охранную деятельность с государственной службой либо выборной оплачиваемой должностью в общественных объединениях. Руководитель ЧОП обязан иметь высшее образование.

Конечно, каждое охранное предприятие специализируется на одном или нескольких видах охранной деятельности, поскольку, скажем, сопровождение и охрана грузов при транспортировке, и поддержание порядка на массовых мероприятиях требует абсолютно разных подходов. Но любой потенциальных заказчик, нуждающийся в услугах охранного бюро, без особого труда сможет подобрать себе агентство нужного профиля.

    
    Охрана встает так рано! И здесь, пожалуй, можно не согласиться с авторами прекрасного мультфильма: охрана не «встает», потому что … «не ложиться»! Да, в каждом конкретном случае подбирается своя схема обеспечения безопасности: круглосуточно, или только часть суток. Однако такие работы, как охрана квартир, домов, поселков, промышленных предприятий осуществляется на постоянной основе. Зачастую, при выполнении обязанностей по охране объектов, охранная организация рекомендует произвести установку не только охранной, но и пожарной сигнализации. Установка пожарной сигнализации, ее обслуживание и эксплуатация – тоже один из их аспектов работы ЧОПов, поскольку понятие «безопасность» всеобъемлюще.

Что такое ЧОП?

Как зародился ЧОП

Частное охранное предприятие или организация (ЧОП/ЧОО) – это негосударственная структура, которая обеспечивает защиту и охрану предприятий и граждан. Подобные охранные структуры стали зарождаться в период перестройки в 1988 году. Был издан закон «О кооперации в СССР» без четко регламентированных функций. Негласно «охранные кооперативы» оказывали не только защиту организаций, но и личной безопасности заказчика и его интересов в индивидуальном порядке. В 1989 году было создано уникальное для СССР первое кооперативное частное сыскное бюро. Среди предоставляемых услуг была официально заявлена личная охрана клиентов. Активное развитие деятельности  охранных организаций взяло начало в 1990 году. Такие структуры создавались в форме акционерных обществ и обществ с ограниченной ответственностью.

На сегодняшний день ЧОП или ЧОО могут быть созданы исключительно в форме общества с ограниченной ответственностью. Как правило, крупные охранные предприятия состоят из подразделений: пункты центрального наблюдения, группы быстрого реагирования, группы сопровождения инкассаторов, группа личной охраны, команды охраны стационарных объектов.

Согласно действующему законодательству об открытии «ООО» ЧОПы предлагают услуги по охране предпринимателям, их собственности, движимого и недвижимого имущества, перевозка ценностей, оказание услуг по личной охране, сопровождению грузов, проверка персонала, установка и обслуживание охранных сигнализаций и систем видео наблюдения.Самым распространенным устройством в настоящее время является тревожная кнопка. Она представляет собой брелок, работающий на радиочастоте.

К первым относятся бригады, которые управляют и контролируют системы и средства технической охраны объектов.
    
Группы быстрого реагирования – это мобильная команда, которая осуществляет оперативный выезд на объект, от которого получен сигнала тревоги.
    
Как правило, вхожие в состав группы сотрудники, владеют огнестрельным оружием, средствами связи и индивидуальной защиты.
    
Особая группа, отвечающая за сопровождение инкассаторов, охраняет  в том числе кассиров и иных лиц с товарно-денежными ценностями или ценные грузы отдельно.
    
Специалисты данной категории также владеют огнестрельным оружием, средствами связи и индивидуальной защиты.
    
Телохранители, обеспечивающие защиту важных персон и их транспорта, входят в состав группы личной охраны и снабжены всем необходимым для достижения максимальной безопасности.
    
Последнее подразделение оказывает услуги охраны объектов различных категорий. В исключительных случаях специалисты  могут быть оснащены спецсредствами.

Да, в каждом конкретном случае подбирается своя схема обеспечения безопасности: круглосуточно, или только часть суток. Однако такие работы, как охрана квартир, домов, поселков, промышленных предприятий осуществляется на постоянной основе.

Специалисты охранных организаций, как правило, обеспечиваются униформой, техническими средствами связи и оружием. Особое внимание уделяется последнему. Частный охранник вправе носить, хранить определенные типы и модели оружия в соответствии с регламентом Правительства Российской Федерации. До 1997 года охранные организации могли использовать только гладкоствольные охотничьи ружья, газовые пистолеты и револьверы. Позже стали использовать только служебные пистолеты и револьверы. В период 2005-2006 гг.

К числу используемого огнестрельного оружия добавился полуавтомат “Сайга”. После приятия в 2010 году закона «О внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации в связи с совершенствованием государственного контроля в сфере частной охранной и детективной деятельности» огнестрельное оружие частных охранных предприятий было передано на баланс МВД РФ. Теперь ЧОП может использовать огнестрельное оружие только на правах аренды. Но за организациями сохранилось право приобретать боевые патроны, служебное травматическое и гражданское оружие, а также спецсредства (электрошокеры, слезоточивый газ, специальные красящие вещества для маркировки преступников и многое другое).

В настоящее время рассматривается возможность о возвращении частным охранным структурам права на приобретение в собственность огнестрельного оружия. Кроме того, предложено разрешить службам авиабезопасности использование оружия на правах «юридического лица с особыми уставными задачами»

Как выглядит иерархия частного охранного предприятия. Взгляд изнутри

Реалии жизни таковы, что нельзя надеется на порядочность, честность, справедливость окружающих людей. Как говорится в пословице: «На бога надейся, а сам не плошай». Этой пословицей руководствуются уже не одно столетие. В условиях современного общества эта народная мудрость означает, что для обеспечения сохранности своего имущества и личной безопасности стоит подумать об охранных услугах.

Для обеспечения сохранности имущества и обеспечения личной безопасности используются различные подходы, поэтому необходимо разграничивать эти два понятия. В данной статье речь пойдет об обеспечении сохранности имущества, а вернее о тех, кто непосредственно обеспечивает ее.

Чтобы легче было понять структуру частного охранного предприятия достаточно представить ее в виде пирамиды. У пирамиды есть вершина, на которой почетно восседает учредитель частного охранного предприятия. Для успешного ведения охранного бизнеса учредитель должен обладать очень харизматичной натурой и иметь достаточные знания в профильной области. Обычно такими качествами обладают сотрудники силовых ведомств и войск. Именно опытные военные и полицейские офицеры, выйдя на заслуженный отдых, обычно организовывают устойчивую структуру частного охранного предприятия.

Практика показывает, что очень часто учредитель является еще и директором частного охранного предприятия. В этом случае учредитель гордится своим предприятием и готов не только получать дивиденды, а и в полной мере нести ответственность за правильное ведение хозяйственной деятельности.

Крупные охранные предприятия практически всегда нуждаются в нескольких руководителях, ведь каждый клиент является особенным и требует внимания, а учредитель-директор не может успеть охватить объем работы. Поэтому нередко возникают должности исполнительных директоров, заместителей по отдельным видам деятельности и т.д.

Исключениями являются ЧОПы, которые организованы как структурные подразделения корпоративного бизнеса. В этом случае директор всегда работает по контракту. Для таких предприятий всегда существует основной ориентир для обеспечения деятельности корпорации-учредителя.

Что касается помощников директора, отдельно стоит выделить руководителя охранной деятельности. Насколько большой не была бы структура предприятия (не считая обособленных подразделений), руководит охраной всегда один человек! Именно от этого человека в большей мере зависит качество оказываемых услуг и при заключении договора необходимо обязательно познакомиться с руководителем службы охраны.

Помимо руководителей (топ менеджеров) существует менеджмент среднего звена. Большинство ЧОПов в своей деятельности для качественного управления и создания четкой вертикали управления используют в работе две службы.

  • Первая из них занимается непосредственно организацией охранных услуг и состоит из начальников охраны объектов, отделений, участков, диспетчерской группы и т.д.
  • Вторая служба осуществляет контроль качества предоставляемых услуг и состоит из инспекторов, которые проводят проверку несения службы, а также разрабатывают служебную документацию.

Отдельной группой стоит материально-техническое обеспечение (МТО) – тыл охранных фирм. В достаточно больших организациях группа МТО является одной из наиболее важных структур в хозяйственной деятельности, ведь от нее зависит не только обмундирование охранников и обеспечение работы транспортных средств, а и правильное хранение вооружения и других спецсредств предприятия.

Подножье пирамиды – это охранники. Эта часть пирамиды наиболее большая, поэтому ей стоит уделить наибольшее внимание.

Как правило, львиная доля охранников – это люди возрастом от 20 до 45 лет, находящихся в хорошей физической форме. У большинства людей благодаря телевидению выработался стереотип, что охранник в хорошей физической форме – это груда мышц ростом не менее двух метров, умеющая стрелять одновременно двумя руками. Для яркости стереотипа можно добавить штаны защитного цвета, красную повязку на голове и зубочистку, зажатую в зубах. Не хотелось бы многих разочаровывать, но на самом деле это не так. Безусловно, профессия охранника тесно связана с риском и значительной психофизической нагрузкой. Но главным качеством охранника являются не раскачанные до баснословных размеров мышцы, которые помогают ему одержать победу над злодеем, а в первую очередь ум, навыки, быстрая реакция, способствующие предупреждению наступления потенциальной опасности.

Для того чтобы определить обладает ли человек, претендующий на должность охранника, всеми перечисленными качествами многие частные охранные предприятия проводят отбор кадров, который состоит из нескольких этапов:

  1. Предварительное собеседование, при котором дается первичная оценка личностных качеств кандидата. На этом этапе изучается анкета потенциального сотрудника частного охранного предприятия, из которой важной информацией считается наличие опыта, причина ухода с предыдущего места работы, владение боевыми искусствами, наличие рекомендаций и т.д. Во время собеседования обращается внимание на внешний вид (опрятность), на качество речевых способностей (моторика речи, грамотность).
  2. Психологическое обследование, осуществляющееся с помощью тестирования. Психологическое тестирование включает в себя вопросы по результатам, которых можно выявить отношение кандидата на должность охранника к насилию, уровень исполнительности, выявить потенциальную склонность к вступлению в сговор с правонарушителями и т.д.
  3. Обработка полученных результатов. На данном этапе составляется психофизический портрет потенциального сотрудника частного охранного предприятия и сравнивается портретом, взятым за стандарт (образец).
  4. Итоговое собеседование, по окончанию которого принимается решение. На завершающем этапе выясняется недостающая информация, и обговариваются моменты, вызвавшие вопросы в течение проведения трех этапов описанных выше. При достижении взаимного согласия охранник получает резолюцию (положительную или отрицательную).

После достижения желаемого результата, став полноценным сотрудником частного охранного предприятия происходит знакомство с особенностями работы. Охранник непосредственно знакомится с характеристикой помещений и территорий объектов, вверенных под охрану: происходит ознакомление с пропускным и внутриобъектовым режимом, с должностными инструкциями, инструктируется в вопросе техники безопасности и т.д.

Обязательным является ознакомление с:

  • законами и нормативно правовыми актами, регламентирующими охранную деятельность (основы трудового, административного, уголовного законодательства;
  • порядком действий при наступлении чрезвычайных ситуаций, способам применения физической силы, правилам задержания правонарушителя и алгоритмом действий во время передачи их в органы внутренних дел;
  • инструкциями по использованию спец- и техсредств;
  • руководством по оказанию первой медпомощи.

Стоит также сказать, что очень часто просто необходимо привлечение женщины-охранника. Женщина-охранник просто необходима, на объектах охраны, где существует необходимость осмотра помещений на предмет угрозы, в которые доступ для мужчин ограничен – женские раздевалки, дамские комнаты и др. В отличие от охранника мужского пола, который не может проводить осмотр женщин, женщина-охранник имеет такие полномочия. Ради справедливости надо сказать, что спрос с женщины-охранника ничем не отличается от требований к мужчине-охраннику.

Что такое ЧОП: расшифровка аббревиатуры, сфера деятельности

В лихие 90-е создавалось много частных фирм, которые стали приносить своим владельцам доход, но его, часто вместе с жизнью предпринимателей, легко отбирали бандитские группировки. Требовалась надежная защита собственности и появились ЧОП. Это стало решением многих проблем.

Как расшифровывается аббревиатура ЧОП

ЧОП — это частное охранное предприятие. Еще на заре Советского государства руководство приветствовало в морских портах, на вокзалах и складах создание коммерческих групп, полностью отвечающих за сбережение материальных ценностей.

Во время перестройки эта практика возобновилась, но, так как подобная деятельность еще не была описана в законе, фактически все сводилось к функциям телохранителей.

Выезд сотрудников ЧОПа

К началу 90-х г. Ленинград стал новатором — здесь официально открылось охранно-детективное агентство, и спрос на его услуги был таким, что пришлось открывать множество дочерних фирм. Когда «дочки» распространились по всем крупным российским городам, незамедлительно встал вопрос о законном урегулировании функций этих предприятий, работники которых пользовались огнестрельным оружием.

Какова структура ЧОП

До 2010 года любая крупная компания могла создавать свой отдел безопасности. Теперь коммерческим предприятиям нужно заключать договоры на охрану с самостоятельными фирмами. ЧОПы — это чаще всего общества с ограниченной ответственностью, целью которых является получение прибыли и распределение ее среди акционеров.

Самостоятельная структура частной охранной организации заинтересована выполнить все пункты контракта и получить вознаграждение, а не зависеть от прихотей начальства, являясь винтиком в схеме огромной корпорации. Часто приказы руководства граничили с криминалом, когда сводились счеты с конкурентами.

Собственные охранные отделы в качестве исключения разрешено иметь стратегически важным компаниям, например, «Газпрому».

Чем занимается ЧОП

Охранные агентства могут решать только те задачи, которые оговорены лицензией. Прежде чем заключать договор сотрудничества, нужно обратить внимание, насколько полон перечень предоставляемых услуг. ЧОПам разрешается:

  • охрана жизни людей;
  • обеспечение безопасности домов, офисов и других объектов;
  • работа с оборудованием для защиты информации;
  • поддержание правопорядка на многолюдных мероприятиях;
  • сопровождение грузов;
  • сбор ознакомительной информации о будущих бизнес-партнерах;
  • защита секретов фирмы;
  • обучение охранному делу и розыску;

Современные ЧОПы вынуждены совершенствоваться, становиться многофункциональными, чтобы победить в конкурентной борьбе.

Какими полномочиями обладают сотрудники ЧОП

ЧОП занимается той же работой, что и правоохранительные органы, но в миниатюре: все сконцентрировано на объекте — человеке, здании, территории или автомобиле, который необходимо охранять в рамках контракта.

Работники ЧОПа при исполнении обязанностей

Но навыки боя и стрельбы у сотрудников приветствуются, поэтому часто в ЧОП переводится много работников полиции, выбирая для себя относительно спокойную жизнь без круглосуточных выездов на происшествия в любую точку города.

Права и обязанности

Сегодня частное охранное предприятие — это организация, в которой работают специалисты трех основных направлений:

  1. Охранник. Занимается обходом территории по периметру, чтобы исключить проникновение посторонних лиц или возможную кражу ценностей. Контролирует входящих на объект по пропускам или удостоверениям личности. Наблюдает в аппаратной за всеми отдаленными уголками, на которых установлены веб-камеры. Участвует в задержании нарушителей на подконтрольной территории с применением вспомогательных средств, газового или огнестрельного оружия.
  2. Телохранитель. Должен находиться рядом с охраняемым лицом в местах, где трудно обеспечить его безопасность другими способами. Владеет огнестрельным оружием и разрешением на его использование. Иметь хорошую физическую подготовку, что необходимо регулярно подтверждать сдачей нормативов.
  3. Наряд моментального реагирования. Специальная группа, выезжающая на охраняемый объект после срабатывания там сигнализации, которой разрешено задержание нарушителя до приезда полиции, осмотр вверенной территории и сообщение собственникам о происшествии.

Но все действия сотрудников ЧОПа не должны выходить за границы охраняемого объекта и за рамки закона.

В каких случаях сотрудник ЧОПа может производить задержание преступника

Ограничивать свободу охранник может, если:

  • некто проник на подконтрольную территорию;
  • лицо, находящееся на охраняемом объекте, совершает противоправные действия.

Это все временные меры, так как задержанного нужно передать полиции, незамедлительно вызванную на место происшествия.

Участились случаи превышения полномочий охранников в торговых центрах. Заподозрив покупателя в воровстве, работники службы охраны препровождают потенциального вора в отдельное помещение, проводят допрос, обыскивают, пытаясь разобраться самостоятельно и не вызывая полицию. Подобные действия незаконны, и такая охранная организация может лишиться лицензии.

Какое оружие, спецсредства и экипировку разрешено использовать ЧОПам

С момента возникновения охранных агентств на коммерческой основе в закон, регулирующий их полномочия, неоднократно вносились изменения на тему, какое оружие может применяться в ЧОПах. Среднестатистическая структура охранного предприятия имеет разрешение на использование служебного и гражданского видов оружия.

Служебное

Огнестрельное и травматическое:

  • пистолеты отечественного и зарубежного изготовления;
  • револьверы;
  • карабины с коротким стволом;
  • ружья с помповым механизмом.

Работник охранного агентства

Для применения такого вооружения охранным предприятиям необходимо строгое юридическое обоснование.

С начала 2010 года вышел закон РФ, согласно которому все боевое оружие принадлежит Министерству внутренних дел, а частным охранным организациям сдается во временное пользование. Расходные материалы приобретаются ЧОПами за собственные средства.

Гражданское

Этот вид вооружения разрешен к применению не только специализированным предприятиям, но и обычным людям, имеющим соответствующее разрешение:

  • газовые пистолеты;
  • травматы;
  • перцовые или газовые баллончики;
  • электрошокеры.

Такие устройства помогают задержать нарушителя, не причиняя тяжкого вреда здоровью.

Вспомогательные средства удержания и личной защиты

Резиновые дубинки, наручники, бронежилеты и каски в большей мере нужны самим охранникам, потому что их работа сопряжена с риском для себя.

Защищая чью-то жизнь или собственность, сотрудник ЧОПа должен быть экипирован на порядок выше обычных людей, чтобы выполнить свои обязанности и не пострадать.

Какие требования предъявляются к агентству и его сотрудникам

ЧОП переводится в разряд действующей службы, когда руководством предоставляются все необходимые документы для лицензирования. После этого выдается само разрешение сроком на 5 лет. Продлить лицензию можно будет, подтвердив свою лояльность законным требованиям.

С каждым клиентом должен быть подписан договор, в котором изложено по пунктам, какие услуги фирма окажет заказчику.

Чтобы поступить на работу в структуру ЧОП, нужно:

  • не быть судимым;
  • быть физически здоровым, что подтверждается справкой медицинского учреждения;
  • пройти обследование в наркологическом диспансере на предмет приема наркотиков и алкогольной зависимости;
  • сдать отпечатки пальцев;
  • получить специальное разрешение от органов внутренних дел;
  • быть совершеннолетним гражданином Российской Федерации.

Выдаваемое сотрудникам охранного агентства оружие

Срочная служба в армии или владение боевыми искусствами будет дополнительным бонусом для приема на работу.

Кто контролирует деятельность ЧОП

Летом 90-го в России появились первые частные охранные службы. Понадобилось 2 года для создания закона, который четко регламентирует работу таких фирм, выполняющих охранные и розыскные функции по приватным заказам на коммерческой основе. В настоящее время этот закон почти не изменился, но на государственном уровне охранная и детективная деятельность разделены на два самостоятельных направления.

Контролирует деятельность охранных организаций МВД, а именно:

  • выдает лицензии;
  • регламентирует степень подготовки сотрудников и сдачу ими необходимых нормативов;
  • дает лицензию некоторым работникам на ношение огнестрельного оружия;
  • направляет инструкции по применению спецсредств сдерживающего характера: резиновых дубинок, наручников;

МВД имеет полномочия направлять в охранные структуры своих проверяющих с целью выявить недочеты и определить готовность сотрудников.

Деятельность ЧОПов приносит огромную пользу предпринимателям и обычным людям. Главное, чтобы эта работа была качественной и честной.

В Росгвардии определили, как должны работать частные охранники — Российская газета

Детальную схему поведения для работников частных охранных организаций (именно так сейчас называются привычные всем ЧОПы) разработали в Росгвардии и уже зарегистрировали в Минюсте России.

Это требования к должностной инструкции частного охранника, утвержденные ведомственным приказом. Самое главное здесь — четкое определение прав и обязанностей охранника, что он должен делать, как он вправе поступить и что делать ему запрещено. А также что ему грозит, если он нарушит эти правила.

На слуху громкие истории, когда частные охранники или просто работники коммерческих предприятий, выдающие себя за чоповцев, совершали не только правонарушения, но и преступления.

Так что необходимость такого документа давно назрела. А сколько было случаев с незаконными обысками покупателей магазинов, грубостью на фейсконтроле, драками на якобы охраняемых парковках.

Вообще же история частной охраны в России, мягко говоря, зигзагообразна. Сначала в эту охрану активно пошли откровенные бандиты — им надо было легализовать огнестрельное оружие и устраивать рейдерские захваты. После череды полицейских спецопераций им на смену пришли бывшие силовики — офицеры-отставники армии, милиции, спецслужб. Они добросовестно выполняли свои обязанности и погасили накал общественного возмущения против ЧОПов.

Но прошло больше десяти лет, военные пенсионеры тоже ушли со своих постов. И теперь в частной охране в основном молодые люди, зачастую не служившие в армии. Да и вообще нигде не служившие, не работавшие и даже не учившиеся. Ну, разве что в средней школе. Они не могут устроиться на какую-либо работу и по наивности полагают, что частный охранник — что-то типа сторожа. Мол, не надо ничего делать, просто приглядывай в целом за порядком. А это далеко не так. И происходят неприятные, а то и трагические истории.

ЧОП уже не может входить в структуру организации, которую охраняет. Начальник охраны не является подчиненным директора

Приказ Росгвардии развеивает эти опасные иллюзии. Ключевые слова в документе — «типовая инструкция».

По идее — все просто и, более того, обозначены во всех кодексах. Например, нельзя частному охраннику даже прикасаться к покупателю в супермаркете, если он явно что-то не громит или, тем более не стреляет или не взрывает.

В общем, уважаемые охранники, вызывайте полицию и пытайтесь удержать этого дурака! Кстати, именно такие действия и должны быть прописаны в инструкции. Да, парни в форме охраны обязаны обездвижить хулиганов или воришек . И при этом — не нанести им телесных повреждений. Это важно. Именно об этом забывают непрофессиональные охранники, которых ничему не учили, а взяли в охрану, мягко говоря, по объявлению.

То есть отныне все инструкции для частной охраны любого объекта в любой точке страны должны быть оформлены по одному шаблону. Надо только правильно его заполнить.

Обязательное условие — в этот шаблон входят конкретные права, обязанности и ответственность охранника, адаптированные к конкретному объекту охраны. Раньше, бывало, обязанности были обозначены расплывчато, права трактовались очень вольно и, мягко говоря, обширно. А про ответственность нередко скромно умалчивалось.

Однако шаблон предполагает достаточную гибкость, что логично. Да, специфика охраны магазина, банка или, скажем, нефтеперерабатывающего завода различаются. Где-то можно только удерживать воришку до прибытия полиции, а где-то — стрелять на поражение.

Но фишка в том, что отдельно прописанные инструкции для конкретного объекта обязательно визируются — или не визируются — в территориальном подразделении Росгвардии. Тут важны и узаконенные взаимоотношения между заказчиком охраны и руководителем охранной организации. Они — равноправные партнеры по схеме «клиент — исполнитель». ЧОП уже не может входить в структуру организации, которую охраняет. Начальник охраны не является подчиненным директора и не выполняет, так сказать, неофициальные, порой — незаконные, а то и криминальные просьбы. Он делает только то, что прописано в договоре и в этой самой типовой инструкции, где все, опять же, — по шаблону.

Разумеется, эти договоры и инструкции в Росгвардии полностью сверяются с законодательством, в том числе с УК РФ. Это и есть гарантированная ответственность: превысил должностные полномочия или, наоборот, допустил преступную халатность — не обессудь. Вспомните трагедию в «Зимней вишне», где охранники ничего не превысили, но и не выполнили своих прямых обязанностей по обеспечению безопасности и спасению людей.

То есть для нанимателей охраны и для самих охранников теперь отсутствует опасная для всех нас лазейка. Мол, у них столь сложный, важный и особо опасный объект, что сотрудники могут где-то что-то и нарушить. Вот тут в Росгвардии и изучат специфику этого охраняемого объекта и ограничат рвение охраны рамками закона.

ЧОП «Контур» — частное охранное предприятие (охранная фирма) в Москве

Работа в условиях санкций

Уважаемые друзья! Несмотря на санкционное давление, “Контур”продолжает оказание охранных услуг иностранным клиентам, а также дочерним организациям и представительствам западных компаний. Нами предпринят ряд мер для продолжения сотрудничества, включая открытие отдельного расчетного счета для взаиморасчетов через…

Читать далее

Рейтинг лучших ЧОПов Москвы 2020 года

ЧОП “Контур” стабильно входит в рейтинги лучших охранных предприятий Москвы и Московской области, а также всей Российской Федерации. В 2020 году по версии профильного портала Chop.Moscow мы попали в десятку лучших московских охранных организаций. Вот…

Читать далее

На территории жилых комплексов в Новой Москве начал работу ЧОП

С июля к охране порядка на территории ЖК «Испанские кварталы», «Скандинавия» и «Белые ночи» Поселения Сосенское приступили сотрудники частного охранного предприятия. Об этом сообщает пресс-служба компании-застройщика.

Читать далее

Охранников не допустят к работе без экзамена

Росгвардия разработала порядок проведения профессиональной подготовки работников военизированных и сторожевых подразделений ФГУП «Охрана» войск национальной гвардии. Документ опубликован на портале проектов нормативных актов.

Читать далее

Частные охранники смогут нести службу в аэропортах

Аккредитованным частным охранным предприятиям могут дать возможность работать на территориях аэропортов. Соответствующий законопроект Госдума приняла во втором чтении. Изменения предлагается внести в Воздушный кодекс РФ в связи с тем, что сейчас охраной аэропортов на «монопольном…

Читать далее

Генеральная прокуратура усиливает надзор за рынком охранных услуг

Генеральная прокуратура Российской Федерации в прошедшем году выявила свыше 7 тыс. нарушений в сфере охранной деятельности. В целях их устранения внесено 2,9 тыс. представлений, по инициативе прокуроров к дисциплинарной и административной ответственности привлечено более 1200…

Читать далее

Состоялось заседание Ученого совета НИЦ «Безопасность»

В Москве состоялось очередное заседание Ученого совета НИЦ «Безопасность». На мероприятии обсуждались следующие вопросы: – итоги деятельности НИЦ «Безопасность» за 2019 год; – внесение изменений в устав организации; – создание в НИЦ направления по оценке…

Читать далее

границ | Функции фактора транскрипции гомологичного белка C/EBP (CHOP) при стресс-индуцированном апоптозе эндоплазматического ретикулума и микробной инфекции

Введение

Эндоплазматический ретикулум (ЭР) является важной органеллой в эукариотических клетках и играет важную роль в синтезе, модификации и процессинге белков, фолдинге, сборке и транспортировке зарождающихся пептидных цепей (1, 2). ER имеет сильную систему гомеостаза, и стабильность внутренней среды является основой для выполнения ER своих функций (3).Некоторые физиологические и патологические состояния, в том числе изменения температуры и pH, накопление поврежденной ДНК, загрязнение токсичными сточными водами и заражение вирусами и бактериями, могут вызывать стресс ЭР (4). Стресс ER можно разделить на три типа, включая реакцию развернутого белка (UPR), реакцию перегрузки ER и регуляторные элементы стерола в сочетании с регуляторными реакциями, опосредованными белками (5). Стресс ER обычно относится к UPR, который возникает, когда неправильно свернутые или развернутые белки в ER увеличиваются и активируют сигнал стресса, который передается в ядро ​​​​через мембрану ER.При стрессе ER клетки в основном вызывают два ответа: один приводит к выживанию клеток, а другой — к апоптозу (6). Используя путь выживания, клетки преодолевают такие неблагоприятные эффекты и поддерживают гомеостаз посредством UPR, ингибируя транскрипцию мРНК, повышая способность фолдинга ER и ERAD (деградация с помощью ER) для восстановления гомеостаза (7). При хроническом или подавляющем стрессе ER нормальные функции ER не восстанавливаются, что приводит к клеточной дисфункции и апоптозу (8).

Сообщалось о многих заболеваниях, связанных со стрессом ER, в клинических популяциях (9, 10). Когда стресс ER происходит с высокой интенсивностью или он пролонгирован, гомеостаз не восстанавливается, и молекулы, родственные ER, индуцируют апоптоз. Индуцированный ER апоптоз происходит по трем основным путям, включая путь IRE1/ASK1/JNK, путь киназы каспазы-12 и путь гомологичного белка C/EBP (CHOP)/GADD153 (11, 12). Путь IRE1/ASK1/JNK важен для апоптоза в ER и был обнаружен при многих заболеваниях, таких как остеопороз, уротелиальная карцинома (13, 14).Путь киназы каспазы-12 также вовлечен во многие заболевания, неонатальную гипоксически-ишемическую энцефалопатию, болезнь Паркинсона и т. д. (15–17). Путь CHOP играет важную роль в индуцированном стрессом ER апоптозе из-за патогенных микробных инфекций, неврологических заболеваний и неопластических заболеваний.

Структура и характеристика CHOP

Белок CHOP был впервые идентифицирован во время исследования метилметансульфоната с использованием УФ-облучения и алкилирования (18). CHOP принадлежит к семейству белков, связывающих CCAAT/энхансеры (C/EBPs), и участвует в регуляции генов, которые кодируют белки, участвующие в пролиферации, дифференцировке и экспрессии, а также в энергетическом метаболизме.CHOP представляет собой белок массой 29 кДа, содержащий 169 (человек) или 168 (грызуны) аминокислотных остатков. Он содержит два функциональных домена, включая N-концевой домен активации транскрипции и С-концевой домен основной лейциновой молнии (bZIP) (19). Анализ делеционных мутантов показал, что домен bZIP играет решающую роль в CHOP-индуцированном апоптозе (20). Исследования показали, что клетки с дефицитом CHOP были устойчивы к апоптозу, вызванному стрессом ER (11, 21). Эксперименты с мышами с дефицитом CHOP показали, что CHOP-индуцированный апоптоз имеет отношение ко многим заболеваниям, которые вызывают стресс ER (22, 23).Апоптоз, вызванный CHOP-путем, привлекает внимание все большего числа исследователей (24–26).

Коллективные результаты исследования CHOP показали, что этот фактор играет важную роль в стресс-опосредованном апоптозе ER. Здесь мы суммируем недавние данные о функциях CHOP во время апоптоза, вызванного стрессом ER, и микробной инфекции.

Функции CHOP при стресс-индуцированном апоптозе ЭР

Путь регулирования вверх по течению CHOP

В клетках существует ряд точных механизмов, обеспечивающих правильную укладку и сборку внутриклеточных белков.Таким образом, только правильно свернутые белки могут транспортироваться из ЭР для выполнения своих функций. При нормальной физиологии CHOP повсеместно экспрессируется на очень низких уровнях (27). Однако патологические состояния или микробная инфекция, вызванные стрессом ER, являются подавляющими, экспрессия CHOP резко возрастает и активируется апоптоз, и этот процесс может происходить в самых разных клетках (27, 28). Эти процессы в основном регулируются тремя факторами, включая протеинкиназу, РНК-подобную киназу эндоплазматического ретикулума (PERK), активирующий транскрипционный фактор 6 (ATF6) и инозитол-требующий белок 1 (IRE1) (11).

ПЕРК

PERK представляет собой трансмембранный белок и важный сенсор, который участвует в UPR, ослабляя трансляцию белка и регулируя окислительный стресс (29). Несвернутые белки в ER стимулируют олигомеризацию PERK и аутофосфорилирование и могут фосфорилировать эукариотический фактор инициации трансляции 2α (eIF2α) (29). Фосфорилирование eIF2α способствует транскрипции ATF4, которая конвергентна с промоторами генов-мишеней, включая CHOP, GADD34 и ATF3 (1, 30, 31).Исследования показывают, что клетки PERK -/- и ATF4 -/- , а также клетки с нокаутом eIF2α (Ser51Ala) не могут индуцировать CHOP во время стресса ER (32). Считается, что сигнальный путь PERK/ATF4/CHOP играет ключевую роль в индукции клеточного апоптоза, как in vitro , так и in vivo (33-35). Однако исследования показывают, что CHOP может не полностью вызывать гибель клеток, и что для индукции гибели клеток требуется взаимодействие CHOP и ATF4 (31).

АТФ6

ATF6 представляет собой трансмембранный белок.При стрессе ER ATF6 перемещается в компартмент Гольджи, где он расщепляется и активируется (36). Когда ATF6 активируется, он перемещается в ядро ​​​​в виде гомо- или гетеродимера и взаимодействует с элементами ответа ATF / cAMP и элементами ответа на стресс ER (1). Такие комплексы связывают промоторы нескольких генов, участвующих в UPR (таких как CHOP, GRP78, XBP1), и индуцируют транскрипцию генов-мишеней (37, 38). Наряду с XBP1(s), ATF6 способствует увеличению размера ER и способности фолдинга белка ER через гены-мишени.ATF6 может активировать транскрипцию как CHOP, так и XBP-1, в то время как XBP-1 также может регулировать экспрессию CHOP. Таким образом, ATF6 может взаимодействовать с XBP-1 для активации CHOP (39).

ИРЭ1

IRE1 представляет собой трансмембранный белок, содержащий два функциональных домена, включая N-концевой люминальный сенсорный домен и С-концевой цитозольный эффектор (40). IRE1 содержит активности протеинкиназы и эндорибонуклеазы. Несвернутые белки в ER стимулируют олигомеризацию и аутофосфорилирование IRE1α, что активирует эндорибонуклеазную активность (41).После активации IRE1α сплайсирует интроны мРНК предшественника субстрата, XBP-1, с образованием зрелого и активного белка XBP-1 (42, 43). Затем активный белок связывает промоторы нескольких генов, участвующих в UPR и ERAD, и регулирует экспрессию генов (таких как CHOP) для восстановления белкового гомеостаза. Таким образом, экспрессия CHOP может повышаться с помощью XBP1(s) (44–46). IRE1α может стимулировать активацию апоптотической сигнальной киназы-1 (ASK1), которая затем активирует нижележащие киназы, Jun-N-концевую киназу (JNK) и митоген-активируемую протеинкиназу p38 (p38 MAPK), которые вызывают апоптоз (40). ).Семейство киназ P38 MAP фосфорилирует Ser78 и Ser81 CHOP, что вызывает клеточный апоптоз (47, 48). Более того, во время индуцированного туникамицином апоптоза ингибитор JNK, SP600125, может подавлять активацию CHOP и последующую экспрессию рецептора смерти 5 (DR5), указывая на то, что активация JNK также участвует в модуляции CHOP (49). JNK и p38 MAPK также могут способствовать фосфорилированию и активации проапоптотического белка BAX для регуляции клеточного апоптоза (50). Следовательно, CHOP может взаимодействовать с JNK и p38 MAPK для регуляции клеточного апоптоза (выходящие регуляторные пути CHOP суммированы на рис. 1).

Рисунок 1 . Восходящий регуляторный путь CHOP. Три сигнальные ветви UPR ведут к транскрипции CHOP. Активированный PERK фосфорилирует eIF2α, что приводит к трансляции ATF4. Впоследствии ATF4 перемещается в ядро, что увеличивает экспрессию CHOP и ATF3. Затем CHOP и ATF3 связываются с промоторами нижестоящих генов. ATF6 перемещается в аппарат Гольджи, где активируется путем протеолиза. Активированный ATF6 транскрипционно повышает экспрессию CHOP.Кроме того, ATF6 может регулировать XBP-1 для активации CHOP. С одной стороны, активация IRE1α обрабатывает несплайсированную мРНК XBP1 с образованием активированных XBP1(s), которые проникают в ядро ​​и контролируют экспрессию CHOP. С другой стороны, IRE1α активирует апоптотическую сигнальную киназу 1 (ASK1), которая, в свою очередь, фосфорилирует p38MAPK и JNK для активации CHOP.

Нисходящий регуляторный путь CHOP

CHOP индуцирует апоптоз через митохондриально-зависимый путь

На митохондриальную мембрану действуют различные восходящие проапоптотические сигналы.Активные белки семейства BCL2 образуют белковые каналы в митохондриальной мембране, а открытие митохондриального PT-отверстия позволяет апоптотически активным веществам (таким как цитохром с, Smac и др.) высвобождаться в цитоплазму (51). Такие события вызывают активацию нижестоящих белков семейства каспаз и их действие на соответствующие субстраты, что приводит к апоптозу.

В качестве фактора транскрипции CHOP может регулировать экспрессию многих антиапоптотических и проапоптотических генов, включая гены, кодирующие белки семейства BCL2, GADD34, TRB-3 и DOC (52, 53).В CHOP-индуцированном пути апоптоза CHOP регулирует семейство белков BCL2. Семейство BCL2 состоит из 25 членов, которые имеют до четырех общих консервативных мотивов, известных как домены гомологии BCL2 (Bh2-4) (54). Семейство белков BCL2 можно разделить на две категории: антиапоптотические белки и проапоптотические белки (55). Антиапоптотические белки в основном включают BCL2, BCL-XL, MCL-1 и BCL-W, в то время как проапоптотические белки можно разделить на две категории: мультидоменные и Bh4-доменные белки (56, 57).Мультидоменные белки включают BAK, BAX и BOK, в то время как доменные белки только Bh4 включают BID, BIM, BAD, BIK, NOXA и PUMA (58, 59). Белки, содержащие только Bh4, регулируют клеточный апоптоз главным образом путем ингибирования экспрессии антиапоптотического белка BCL2 или стимулирования экспрессии мультидоменных белков, таких как BAX (60).

При стрессе ER CHOP может функционировать либо как активатор транскрипции, либо как репрессор. Он образует гетеродимеры с другими транскрипционными факторами семейства C/EBP посредством взаимодействий с доменом bZIP, чтобы ингибировать экспрессию генов, реагирующих на транскрипционные факторы семейства C/EBP, одновременно усиливая экспрессию других генов, содержащих специфический цис-действующий элемент размером 12–14 п.н. 19).CHOP может подавлять экспрессию BCL2, BCL-XL и MCL-1 и повышать экспрессию BIM, вызывая повышенную экспрессию BAK и BAX (60, 61). После олигомеризации BAX-BAK олигомеры вызывают высвобождение факторов апоптоза, таких как цитохром с (Cyt-C) и фактор, индуцирующий апоптоз (AIF), посредством проницаемости митохондрий, что в конечном итоге вызывает гибель клеток (62).

TRB3 представляет собой внутриклеточную псевдокиназу, которая модулирует активность каскада передачи сигнала и строго регулируется во многих клетках (63, 64).Исследования показали, что в условиях гипоксии и стресса ER в несердечных клетках TRB3 увеличивает свою экспрессию (65). Во время стресса ER TRB3 активируется транскрипционным фактором, индуцируемым стрессом ER, ATF4-CHOP (66). CHOP взаимодействует с TRB3, что способствует индукции апоптоза (67, 68). Сайт связывания CHOP перекрывается с аминокислотными ответными элементами в промоторе TRB3, и за их взаимодействие ответственны специфические области в CHOP и TRB3 (69). Экспрессия TRB3 может ингибировать активность AKT и обладает проапоптотической способностью (70, 71).AKT напрямую модулирует экспрессию каспазы-3 и каспазы-9, а также митохондриальных проапоптотических белков, BAX и BAD (72). TRB3 также может ингибировать антиапоптотическую активность AKT путем ингибирования фосфорилирования сайтов Ser473 и Thr308 AKT (63, 73). Повышение экспрессии TRB3 может сопровождаться активацией каспазы-3, тем самым усиливая апоптоз. Вмешательство в экспрессию TRB3 частично ослабляет активность каспазы-3 (74, 75), и, следовательно, CHOP также регулирует апоптоз, повышая экспрессию гена TRB3 и прямо или косвенно влияя на активность каспазы (эндогенный путь — пути индуцированного апоптоза представлены на рисунке 2).

Рисунок 2 . Функции CHOP при апоптозе, индуцированном эндогенным путем. CHOP запускает внутренний путь апоптоза посредством ингибирования BCL-2, BCL-XL, MCL-1 и усиления BIM, который регулирует BAX-BAK-опосредованную пермеабилизацию наружной мембраны митохондрий. Это приводит к высвобождению цитохрома с и каспазному каскаду. Bag5 может снижать экспрессию CHOP и повышать экспрессию гена Bcl-2. CHOP также может регулировать апоптоз клеток, повышая экспрессию гена TRB3, предотвращая фосфорилирование Akt, которое ингибирует активность каспаз-3/9.

CHOP индуцирует апоптоз через путь рецептора смерти

Гибель клеток, вызванная стрессом ER, также может быть опосредована экзогенными путями. Опосредованный рецептором смерти апоптоз происходит за счет лигандов смерти (Fas, TNF и TRAIL) в сочетании с рецепторами смерти. Рецепторный белок, Fas-ассоциированный белок домена смерти, рекрутируется для формирования индуцирующего гибель сигнального комплекса, который активирует цитозольную каспазу-8, которая затем активирует расположенную ниже каспазу, вызывая апоптоз.

Путь PERK-ATF4-CHOP может индуцировать апоптоз путем связывания с рецептором смерти и усиления экспрессии рецептора смерти 4 (DR4) и DR5.CHOP регулирует DR4 или DR5, или оба DR4 и DR5, чтобы вызвать апоптоз, в зависимости от различных типов клеток и стимула. Рецепторы смерти TRAIL-R1/DR4 могут активироваться стрессом ER. CHOP взаимодействует с фосфорилированным транскрипционным фактором JUN с образованием комплекса, который связывается с промоторной областью DR4 в клетках рака легкого (76). В гигантских нейрональных клетках головного мозга (GCN5) N-концевой домен CHOP взаимодействует с фосфорилированным JUN с образованием комплекса, который регулирует экспрессию DR4 и DR5 (76).CHOP также повышает экспрессию DR5 путем связывания с 5′-областью гена DR5 (77). ATF3 также участвует в опосредовании продукции DR5. В модели клеток рака толстой кишки, в которой ген p53 делетирован, ген ATF3, участвующий в ER, также участвует в опосредовании продукции DR5 (78).

Исследования показывают, что передача сигналов CHOP-DR5 сенсибилизирует несколько подвергшихся химическому воздействию раковых клеток к внешнему апоптозу, опосредованному активными формами кислорода (АФК), in vitro (79, 80). Если стресс ER необратим, функция PERK-CHOP будет сохраняться, позволяя мРНК DR5 повышаться.Накопление DR5 в ER и Golgi может управлять лиганд-независимой мультимеризацией длинных вариантов сплайсинга рецептора смерти 5 (DR5L). DR5L ускоряет образование вызывающего смерть сигнального комплекса (DISC) и активирует каспазу-8 (81). Активация каспазы-8 может также расщеплять BID, находящийся в цитоплазме, в tBID. tBID обладает мощной проапоптотической активностью и может воздействовать на митохондриальные мембраны с помощью BAK и BAX, которые вызывают высвобождение Cyt-C. Впоследствии это приводит к апоптозу посредством экзогенного и эндогенного путей (82) (пути апоптоза, индуцированные экзогенным путем, суммированы на рис. 3).

Рисунок 3 . Функции CHOP при апоптозе, индуцированном экзогенным путем. CHOP запускает внешний путь апоптоза посредством активации DR4 и DR5. PERK может индуцировать экспрессию ATF4, что приводит к экспрессии CHOP и ATF3. Затем CHOP и ATF3 связываются с промоторами генов DR4 и DR5, повышая их экспрессию. TRAIL в сочетании с DR4 и DR5 регулирует каскад, опосредованный каспазой 8, который активирует каспазу 3/7, что приводит к апоптозу. С другой стороны, Bid расщепляется на tBid.Затем tBid регулирует BAX-BAK-опосредованные пути митохондриального апоптоза.

CHOP индуцирует апоптоз другими путями

В дополнение к опосредованию апоптоза через эндогенные и экзогенные пути, CHOP также опосредует апоптоз через другие пути. CHOP может увеличивать экспрессию гена ERO1α (ER редуктазы), который катализирует окисление протеиндисульфидизомеразы (PDI), что приводит к продукции H 2 O 2 в ER. Сильно окисленное состояние ER (22, 83) приводит к утечке H 2 O 2 в цитоплазму, вызывает продукцию АФК и ряд апоптотических и воспалительных реакций (84–86).

Высокие концентрации АФК в просвете ЭПР активируют канал высвобождения ионов кальция IP3R1, позволяя ионам кальция проникать в цитозоль. Цитоплазматический кальций способствует АФК путем активации кальций-чувствительной киназы, CaMKII (кальций-зависимой протеинкиназы) и NOX2, субъединицы НАДФН-оксидазы на клеточной мембране. Затем эти факторы способствуют транскрипции CHOP, что приводит к апоптозу (87). Это путь положительной обратной связи. Путь CHOP-CaMKII также активирует JNK, который участвует в апоптозе, вызванном стрессом ER, путем индукции экспрессии Fas, NOX2 и окислительного стресса (88, 89).В некоторых моделях диабета делеция CHOP может ингибировать апоптоз бета-клеток поджелудочной железы и обеспечивает защитный механизм для снижения продукции ERO1α, что впоследствии снижает маркеры окислительного стресса и экспрессию антиоксидантных генов (90). Более того, поглотители АФК могут ослаблять экспрессию белков, связанных с путем PERK/eIF2α/CHOP (91).

Ген CHOP также напрямую активирует GADD34 (белок повреждения ДНК), который соединяется с белком фосфатазой 1 (PP1) и дефосфорилирует eIF2α, что приводит к восстановлению трансляции белка и увеличению стресса ER и клеточного апоптоза (92, 93).При стрессе ER клетки с мутациями GADD34 могут значительно снижать образование белковых комплексов по сравнению с нормальными клетками.

Сверхэкспрессия CHOP может привести к остановке клеточного цикла и апоптозу клеток. В то же время CHOP-индуцированный апоптоз также может вызывать гибель клеток путем ингибирования экспрессии регуляторного белка клеточного цикла p21. Белок р21 не только ингибирует фазу G1 клеточного цикла, но и имеет тесную связь с активностью преапоптотических факторов.Таким образом, взаимосвязь между CHOP и p21 может объяснить изменения в состоянии клетки от адаптации к стрессу ER до преапоптотической активности (94, 95).

В большинстве случаев CHOP может напрямую связываться с промоторами нижестоящих родственных генов, тогда как при определенных условиях CHOP может взаимодействовать с другими факторами транскрипции, чтобы влиять на апоптоз. Недавние исследования показали, что связанный с Bcl-2 атаноген 5 (Bag5) сверхэкспрессируется при раке предстательной железы и ингибирует апоптоз, вызванный стрессом ER.Сверхэкспрессия Bag5 приводит к снижению экспрессии CHOP и BAX и увеличению экспрессии гена Bcl-2 (96). Сверхэкспрессия Bag5 ингибирует апоптоз, вызванный стрессом ER в UPR, путем подавления PERK-eIF2-ATF4 и усиления активности IRE1-Xbp1 (97).

Также сообщалось, что

CHOP регулирует экспрессию белков, содержащих только Bh4, взаимодействуя с FOXO3A (в нервных клетках, обработанных туникамицином) и комплексным белком AP-1, cJUN, что приводит к его фосфорилированию. Нокдаун CHOP предотвращает дефосфорилирование нижележащей мишени FOXO3a (Thr32) (58).

Синоптически CHOP-зависимый апоптоз в основном опосредуется прямым или косвенным изменением экспрессии проапоптотических или антиапоптотических генов. В совокупности пути апоптоза опосредованы нижестоящими мишенями CHOP; однако механизмы молекулярного взаимодействия, с помощью которых это происходит, еще предстоит понять.

Функции CHOP во время апоптоза и аутофагии

Аутофагия — это система лизосомной деградации, включающая деградацию и переработку устаревших, поврежденных или вредных цитоплазматических материалов и органелл.Аутофагия обычно предшествует апоптозу при клеточных стрессах, и программа апоптоза активируется, когда такие стрессы превышают критическую продолжительность или порог интенсивности (98). Здесь мы описываем важную роль CHOP в апоптозе, вызванном стрессом ER. Недавние исследования идентифицировали CHOP как прямой регулятор многочисленных генов, участвующих в аутофагическом процессе, способствующем выживанию (99, 100). CHOP участвует в аутофагии, вызванной аминокислотным голоданием, стрессом ER и инфекцией микроорганизмами (101, 102).Исследования показали, что нокдаун CHOP не только усиливает индуцированную туникамицином аутофагию, но также значительно ослабляет апоптоз, вызванный стрессом ER, в клетках рака толстой кишки человека. Более того, CHOP модулирует индукцию аутофагосом во время стресса ER, о чем свидетельствует ингибирование экспрессии LC3-II и точек GFP-LC3B (103). Другое исследование также показало, что UPR-активированная СНОР вызывает полное созревание аутолизосом во время индуцированной вирусом гепатита С аутофагии посредством LC3B-II-зависимого механизма (104).Во время аминокислотного голодания и стресса ER CHOP может повышать экспрессию генов, связанных с аутофагией, в начале, тогда как на более поздних стадиях голодания CHOP может ингибировать возникновение аутофагии и постепенно инициировать апоптоз (105). Следовательно, CHOP играет ключевую роль в переключении между апоптозом и аутофагией.

Функции CHOP-индуцированного апоптоза при микробной инфекции

Многие патогенные микроорганизмы инфицируют клетки-хозяева и могут вызывать ER-стресс (106).Когда стресс ER возникает с высокой интенсивностью или является длительным, гомеостаз не восстанавливается и происходит апоптоз. Многие микробы инфицируют клетки-хозяева, вызывая апоптоз посредством регуляции экспрессии CHOP. CHOP-индуцированный апоптоз может быть как полезным для микроорганизмов, так и вредным для их роста и размножения (табл. 1). Здесь мы суммируем недавние данные о функциях CHOP-индуцированного апоптоза во время микробной инфекции.

Таблица 1 . Функции CHOP при стресс-индуцированном апоптозе ER в микробных моделях.

Функции CHOP при вирусной инфекции

После того, как вирусы внедряются в хозяина, они должны адаптироваться к внутриклеточной среде и использовать факторы клетки-хозяина для саморепликации. ER является важной органеллой для сборки и репликации вируса, а репликация и пролиферация вируса могут влиять на функцию ER и вызывать стресс ER. При длительном стрессе ЭР активируется клеточный апоптоз. При определенных условиях апоптоз полезен или необходим для репликации вируса и высвобождения вирусных частиц.В других условиях апоптоз может ингибировать пролиферацию и распространение вируса в клетках-хозяевах для защиты неинфицированных клеток.

После того, как ДНК-вирусы инфицируют клетки-хозяева, CHOP играет критическую роль в апоптозе, вызванном стрессом ER. Сообщалось, что цирковирус свиней типа 2 (PCV2) вызывает UPR и опосредует апоптоз после стресса ER (107). PCV2 запускает UPR в клетках PK-15, активируя путь PERK-eIF2α-ATF4-CHOP без сопутствующей активации IRE1 или ATF6. Сверхэкспрессия GRP78 может усиливать экспрессию вирусного капсида и/или титры вируса.Таким образом, PCV2 развертывает UPR для усиления своей репликации (107). Репликаза (Rep) и капсидные (Cap) белки ЦВС-2 активируют путь eIF2α-ATF4-CHOP. Экспрессия кэпа значительно снижала экспрессию антиапоптотического BCL2 и увеличивала расщепление каспазы-3 за счет увеличения экспрессии CHOP. Нокдаун PERK с помощью РНК-интерференции значительно снижает Cap-индуцированную экспрессию CHOP и расщепление каспазы-3. Cap индуцирует UPR и апоптоз через путь PERK-eIF2α-ATF4-CHOP-BCL2 (108). Когда PERK ингибируется GSK2606414 или дефосфорилирование eIF2α подавляется салюбриналом, репликация вируса ограничивается, что свидетельствует о том, что CHOP участвует в апоптозе, индуцированном PCV2, и может способствовать репликации вируса (107).

CHOP также играет важную роль в инфицированных РНК-вирусом клетках-хозяевах. Клетки h2299, инфицированные вирусом инфекционного бронхита (IBV), индуцировали апоптоз посредством стресса ER. После заражения ИБК активировался путь IRE1α-XBP1 UPR. IRE1α защищает инфицированные клетки от апоптоза, вызванного IBV, что требует как его киназной, так и РНКазной активности. IRE1α противодействует индуцированному IBV апоптозу, модулируя фосфорилирование проапоптотической N-концевой киназы c-Jun (JNK) и поддерживающей выживание серин/треонинпротеинкиназы RAC-альфа (Akt) (124).В то же время инфекция IBV также активирует два других пути, включая PERK-eIF2α-ATF4 и PKR-eIF2α-ATF4. После активации активируются ATF4, ATF3 и CHOP. CHOP влияет на GADD34 и дефосфорилирование eIF2α. Это приводит к восстановлению трансляции белка и увеличению стресса ER и клеточного апоптоза. CHOP может повышать экспрессию белка-предшественника апоптоза, гомолога псевдокиназы tribbles 3 (TRIB3), который ингибирует путь выживания ERK, тем самым способствуя апоптозу.Во время апоптоза, индуцированного IBV, CHOP также снижает экспрессию BCL2, что способствует CHOP-опосредованному апоптозу. Таким образом, IBV индуцирует апоптоз через пути IRE/JNK и PERK/PKR. Что еще более важно, в клетках с дефицитом CHOP индуцированный IBV апоптоз ослабляется, а репликация вируса ингибируется. Таким образом, все такие результаты свидетельствуют о том, что апоптоз, индуцированный CHOP, благотворно влияет на репликацию IBV (109, 110).

Вирус Коксаки B3 (CVB3) может запускать UPR и индуцировать апоптоз, опосредуя выработку CHOP (125, 126) и снижая отношение сердечного Bcl-2/Bax.Это открытие подтверждает, что CHOP-опосредованный апоптоз играет роль в остром вирусном миокардите (AVMC), который возникает в основном через митохондриально-зависимый путь. Однако точный механизм, ведущий к CHOP-опосредованному апоптозу, остается неясным и требует дальнейшего изучения. Исследования показывают, что дефицит CHOP снижает репликацию CVB3, повреждение сердца и способствует выживанию при остром вирусном миокардите, опосредованном CVB3, in vivo (113, 125).

CHOP-опосредованный апоптоз в преждевременных клетках может функционировать как защитный ответ хозяина, ограничивая репликацию вируса и патогенез.Вирус Западного Нила (WNV) может индуцировать экспрессию CHOP через путь PERK-ATF4-CHOP, а CHOP индуцирует экспрессию нижестоящего гена-мишени, GADD34. Также происходит дефосфорилирование eIF2α, приводящее к восстановлению трансляции белка, что увеличивает стресс ER и клеточный апоптоз. Одновременно CHOP индуцирует активацию каспазы-3, что приводит к апоптозу. В CHOP-дефицитных мышиных эмбриональных фибробластах (MEF) WNV вырастает до значительно более высоких титров вируса, чем в MEF дикого типа, что позволяет предположить, что функция CHOP-опосредованного апоптоза контролирует репликацию WNV in vitro (112, 127).

Функции CHOP при бактериальной инфекции

Апоптоз, вызванный стрессом ER

, играет важную роль в инфицированных бактериями клетках-хозяевах. Предотвращение апоптоза дает преимущество в выживании, поскольку облегчает репликацию бактерий внутри клеток-хозяев (128).

Mycobacterium tuberculosis ( Mtb ) инфицированные клетки-хозяева активируют три сигнальных пути стресса ER (IRE1, PERK и ATF6) (129). Недавние данные свидетельствуют о том, что Mtb и его антиген массой 38 кДа могут активировать путь PERK/eIF2α/CHOP (25, 26).Было показано, что Mycobacterium tuberculosis и его антигены связаны с активацией IRE1α/TRAF2/ASK1/JNK/p38MAPK и приводят к апоптозу (130). Лим и др. сообщили, что продукция CHOP, индуцированная антигеном 38 кДа, снижается при ингибировании пути JNK (25). В клетках A549 JNK фосфорилировал Bcl-2 для ингибирования его антиапоптотической активности, а также фосфорилировал Bax. Фосфорилированный Bax затем перемещается в митохондрии и активирует Bak для стимуляции апоптоза (130).Таким образом, CHOP может взаимодействовать с IRE1α/TRAF2/ASK1/JNK, чтобы регулировать возникновение апоптоза.

Во время инфекции M.tuberculosis чрезмерная экспрессия CHOP может способствовать клеточному апоптозу, по крайней мере, двумя путями: (i) активация ERO1α. Антиген массой 38 кДа индуцирует выработку АФК и последующий ERS через ERO1α, что приводит к апоптозу за счет высоких концентраций пероксида в среде ER (25). (ii) Ингибирование Bcl-2. Исследователи сообщили, что ESAT-6 индуцирует CHOP для образования димеров с CREB, что приводит к снижению экспрессии Bcl-2 и увеличению экспрессии Bax (130, 131).Что еще более важно, когда CHOP взаимодействует с siRNA, это может значительно увеличить выживаемость M.tuberculosis в клетках-хозяевах (26). В совокупности CHOP-индуцированный апоптоз полезен для борьбы с инфекцией Mtb .

Вакуолизирующий цитотоксин (VacA) является критическим фактором вирулентности Helicobacter pylori . VacA может усиливать экспрессию CHOP после стимуляции эпителиальных клеток желудка цитотоксином А, а также может повышать экспрессию BIM и активировать BAX и TRIB3, что приводит к апоптозу.CHOP транскрипционно активируется PERK посредством фосфорилирования eIF2-α, которое также усиливается NH 4 Cl. Нокдаун CHOP или TRIB3 может также уменьшить вызванную VacA митохондриальную дисфункцию и апоптоз. CHOP участвует не только в апоптозе, но и в аутофагии, индуцированной VacA. Нокдаун эффекторов стресса ER, CHOP или TRIB3, может резко снизить образование аутолизосом и гибель клеток в клетках рака желудка, обработанных VacA. Следовательно, VacA индуцирует аутофагию и гибель клеток в клетках AGS, вызывая стресс ER, который включает активацию CHOP и TRIB3 (119, 120).

Шига-токсин

типа I, продуцируемый штаммом Escherichia coli , также может вызывать апоптоз эндогенными и экзогенными путями, в которых важную роль играют CHOP и DR5. Подавление экспрессии CHOP избирательно блокирует активацию каспазы и ослабляет клеточный апоптоз (121, 132). Шига-токсины, продуцируемые Shigella dysenteriae серотипа I, активируют как передачу сигналов апоптотической гибели клеток, так и реакцию на стресс ER. Обработка клеток пигментного эпителия сетчатки человека (клетки RPE) Stxs приводит к активации JNK и p38MAPK и повышению экспрессии CHOP и DR5 (123, 132).В совокупности характеристика функций CHOP во время микробной инфекции поможет нам понять патогенез микроорганизмов и обеспечит лучшую теоретическую основу для контроля и предотвращения заболеваний.

CHOP играет важную роль при микробных инфекциях и, следовательно, может быть важной потенциальной мишенью для новых терапевтических подходов. Исследования показали, что регуляция экспрессии CHOP играет важную роль в метаболических заболеваниях и некоторых видах рака (83, 133).Дефицит CHOP ослабляет окислительный стресс и острую почечную недостаточность, вызванную ишемией-реперфузией, in vitro и in vivo (83). Регуляция экспрессии CHOP была принята в качестве подхода к удалению раковых клеток посредством индукции апоптоза (134). Как упоминалось выше, низкомолекулярные ингибиторы, которые ингибируют стресс ER (UPR) и экспрессию CHOP, могут действовать как терапевтические варианты для предотвращения стресса ER и микробных инфекций. Использование низкомолекулярных ингибиторов, GSK2606414 или салюбринала, для ингибирования пути PERK-eIF2α и экспрессии CHOP может ограничивать репликацию ЦВС-2 (107).Таким образом, нацеливание на CHOP может быть хорошим терапевтическим подходом для лечения инфекции ЦВС-2. Химический шаперон TUDCA является классическим ингибитором стресса ER, который улучшает способность фолдинга ER, что защищает от различных заболеваний, включая сахарный диабет, гипертонию, кальцификацию и даже сердечную дисфункцию, предотвращая стресс ER (135–137). Введение TUDCA заметно подавляет сердечный стресс ER и индукцию CHOP; таким образом, предотвращая апоптоз кардиомиоцитов, воспаление и повреждение сердца, сердечную дисфункцию, снижая репликацию CVB3 in vivo и увеличивая выживаемость в моделях AVMC, индуцированных инокуляцией CVB3 (113).Следовательно, низкомолекулярные ингибиторы, которые предотвращают стресс ER и экспрессию CHOP, являются потенциальными терапевтическими подходами к инфекциям CVB3. Кроме того, в клетках с дефицитом CHOP апоптоз, вызванный IBV, был ослаблен, репликация IBV была ограничена, а репликация CVB3 также была ограничена (110, 113). Таким образом, сверхэкспрессия или нокаут гена CHOP может быть терапевтическим подходом к лечению родственных заболеваний. Таким образом, понимание того, как CHOP функционирует во время микробных инфекций, обеспечит лучшие терапевтические подходы к контролю и профилактике заболеваний.

Выводы и перспективы на будущее

Стресс ER

, вызванный инфекцией патогенными микроорганизмами, и последующий апоптоз играют ключевую роль в регуляции инфекции (106, 138). CHOP является важной молекулой в пути апоптоза, вызванного стрессом ER. CHOP-индуцированный апоптоз также играет ключевую роль во время вирусной или бактериальной инфекции. Следовательно, необходимо четко проиллюстрировать путь апоптоза, индуцированный CHOP. Как упоминалось выше, проводятся обширные углубленные исследования вышестоящих регуляторных генов CHOP и его нижестоящих генов-мишеней в контексте стресса ER (диаграмма, обобщающая регуляцию CHOP, показана на рисунке 4).

Рисунок 4 . Механизм регуляции CHOP при апоптозе, индуцированном стрессом ER. Восходящий регуляторный путь: активированный PERK фосфорилирует eIF2α, что приводит к трансляции ATF4. ATF4 перемещается в ядро, что увеличивает экспрессию CHOP и ATF3. Затем CHOP и ATF3 связываются с промоторами генов-мишеней, повышая их экспрессию. ATF6 перемещается в аппарат Гольджи, где активируется путем протеолиза. Активированный ATF6 транскрипционно повышает экспрессию CHOP.Кроме того, ATF6 может регулировать XBP-1 для активации CHOP. Активация IRE1α превращает несплайсированные мРНК XBP-1 в активированные XBP1(s), которые проникают в ядро ​​и контролируют экспрессию CHOP. IRE1α активирует апоптозную сигнальную киназу 1 (ASK1), которая, в свою очередь, фосфорилирует p38 MAPK/JNK и активирует CHOP. Кроме того, Bag5 может снижать экспрессию CHOP и повышать экспрессию гена Bcl-2. Нисходящий регуляторный путь: CHOP запускает внутренний апоптотический путь посредством ингибирования BCL-2, BCL-XL, MCL-1 и усиления BIM, который регулирует BAX-BAK-опосредованную пермеабилизацию внешней мембраны митохондрий.Это приводит к высвобождению цитохрома с и каспазному каскаду. CHOP также может регулировать апоптоз, повышая экспрессию гена TRB3 и предотвращая фосфорилирование Akt, которое ингибирует активность каспаз-3/9. CHOP запускает внешний путь апоптоза через активацию DR4 и DR5, которые регулируют каскад, опосредованный каспазой-8. Это приводит к расщеплению Bid до tBid, который регулирует BAX-BAK-опосредованные пути митохондриального апоптоза. CHOP также может запускать путь ERO1α-IP3R-Ca 2+ -CaMKII.АФК также могут запускать Ca 2+ -зависимый митохондриальный апоптоз. CHOP может напрямую активировать GADD34 (белок повреждения ДНК), который в сочетании с белком фосфатазой 1 (PP1) дефосфорилирует eIF2α и приводит к восстановлению трансляции белка, увеличению стресса ER и клеточному апоптозу.

Все больше данных свидетельствуют о том, что инфекции связаны с аномальной экспрессией CHOP во время стресса ER, и в большинстве случаев экспрессия CHOP может вызывать апоптоз. Однако механизмы и пути, запускаемые различными патогенами, различаются, и текущие исследования показывают, что CHOP играет важную роль в апоптозе, индуцированном патогенными микроорганизмами.Некоторые из этих ролей полезны для микроорганизмов, в то время как другие вредны для микроорганизмов. Большинство исследований направлены на то, чтобы показать пути апоптоза, индуцированные CHOP, и функции апоптоза для микроорганизмов. Однако неизвестно, при каких условиях апоптоз, индуцированный CHOP, способствует высвобождению и распространению патогенных микроорганизмов и вызывают ли такие процессы более интенсивный иммунный ответ. Таким образом, то, как микроорганизмы используют СНОР-индуцированный апоптоз для регуляции роста и репродукции, или как клетки-хозяева используют СНОР-индуцированный апоптоз для ограничения репликации и передачи микроорганизмов, являются важными аспектами, которые требуют дальнейшего изучения.Сложный баланс между двумя эффектами заслуживает дальнейшего изучения, и детализация таких механизмов может помочь в разработке терапевтических подходов к стрессу ER и микробной инфекции.

Вклад авторов

HH, MT и CD подготовили обзор. SY критически пересмотрел обзор. Все авторы прочитали и одобрили окончательный вариант рукописи.

Финансирование

Эта работа была поддержана научно-техническим инновационным проектом Китайской академии сельскохозяйственных наук (грант No.ШВРИ-АСТИП-2014-8).

Заявление о конфликте интересов

Авторы заявляют, что исследование проводилось при отсутствии каких-либо коммерческих или финансовых отношений, которые могли бы быть истолкованы как потенциальный конфликт интересов.

Сокращения

CHOP, C/EBP-гомологичный белок; ER, эндоплазматический ретикулум; ATF4, активирующий транскрипционный фактор 4; ATF6, активирующий транскрипционный фактор 6; DISC, сигнальный комплекс, вызывающий смерть; DR, рецептор смерти; eIF2α, эукариотический фактор инициации трансляции 2α; IRE1, инозитол-требующий фермент 1; JNK, c-Jun N-концевая киназа 1; PERK, протеинкиназа, РНК-подобная киназа эндоплазматического ретикулума; АФК, активные формы кислорода; TRAIL, связанный с TNF лиганд, индуцирующий апоптоз; UPR, развернутый белковый ответ; XBP1, X-box-связывающий белок 1; XIAP, Х-сцепленный ингибитор белка апоптоза; TRIB3, гомолог трибблов псевдокиназы 3; p38MAPK, митоген-активируемая протеинкиназа p38; CaMKII, кальцийзависимая протеинкиназа; PDI, протеиндисульфидизомераза; FADD, Fas-ассоциированный белок домена смерти.

Ссылки

4. Луэти Д.Д., Холбрук, штат Нью-Джерси. Активация промотора gadd153 генотоксическими агентами: быстрый и специфический ответ на повреждение ДНК. Рак Res. (1992) 52:5–10.

Реферат PubMed | Академия Google

8. Ayaub EA, Kolb PS, Mohammed-Ali Z, Tat V, Murphy J, Bellaye PS, et al. GRP78 и CHOP модулируют апоптоз макрофагов и развитие блеомицин-индуцированного легочного фиброза. Дж. Патол. (2016) 239:411–25.doi: 10.1002/path.4738

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

9. Lucke-Wold BP, Turner RC, Logsdon AF, Nguyen L, Bailes JE, Lee JM, et al. Стресс эндоплазматического ретикулума, связанный с хронической травматической энцефалопатией. Дж Нейрохирург. (2016) 124:687–702. дои: 10.3171/2015.3.JNS141802

Реферат PubMed | Полнотекстовая перекрестная ссылка

13. Chen S, Wang Y, Yang Y, Xiang T, Liu J, Zhou H, et al. псорален ингибировал апоптоз остеопоротических остеобластов, модулируя путь IRE1-ASK1-JNK. BioMed Res Int. (2017) 2017:3524307. дои: 10.1155/2017/3524307

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

14. Zeng T, Peng L, Chao H, Xi H, Fu B, Wang Y, et al. Опосредованный комплексом IRE1alpha-TRAF2-ASK1 стресс эндоплазматического ретикулума и митохондриальная дисфункция способствуют CXC195-индуцированному апоптозу в клетках карциномы мочевого пузыря человека T24. Biochem Biophys Res Commun. (2015) 460:530–6. doi: 10.1016/j.bbrc.2015.03.064

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

15.Чжан К., Лю Дж., Чен С., Лю Дж., Лю Л., Лю Г. и др. Каспаза-12 участвует в индуцированном растяжением апоптозе, опосредованном стрессом эндоплазматического ретикулума. Апоптоз (2016) 21:432–42. doi: 10.1007/s10495-016-1217-6

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

16. Liu L, Liu C, Lu Y, Liu L, Jiang Y. Фактор, связанный со стрессом ER, ATF6 и каспаза-12 запускают апоптоз при неонатальной гипоксически-ишемической энцефалопатии. Int J Clin Exp Pathol. (2015) 8:6960–6.

Реферат PubMed | Академия Google

17. Tong Q, Wu L, Jiang T, Ou Z, Zhang Y, Zhu D. Ингибирование эндоплазматического ретикулума, активируемого стрессом апоптотического пути IRE1alpha-TRAF2-каспаза-12, участвует в нейропротекторных эффектах телмисартана в крысиной модели ротенона. болезни Паркинсона. Евро J Фармакол. (2016) 776: 106–15. doi: 10.1016/j.ejphar.2016.02.042

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

19. Убеда М., Ван Х.З., Цинснер Х., Ву И., Хабенер Дж.Ф., Рон Д.Вызванное стрессом связывание транскрипционного фактора CHOP с новым контрольным элементом ДНК. Мол клеточный биол. (1996) 16:1479–89. doi: 10.1128/MCB.16.4.1479

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

20. Matsumoto M, Minami M, Takeda K, Sakao Y, Akira S. Эктопическая экспрессия CHOP (GADD153) вызывает апоптоз в клетках миелобластного лейкоза M1. ФЭБС Письмо. (1996) 395:143–7. дои: 10.1016/0014-5793(96)01016-2

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

21.Нам Д.Х., Хан Дж.Х., Ли Т.Дж., Шишидо Т., Лим Дж.Х., Ким Г.Й. и др. Дефицит CHOP предотвращает индуцированный метилглиоксалем апоптоз миоцитов и сердечную дисфункцию. J Mol Cell Cardiol. (2015) 85:168–77. doi: 10.1016/j.yjmcc.2015.05.016

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

22. Rao J, Zhang C, Wang P, Lu L, Qian X, Qin J, et al. Гомологичный белок C/EBP (CHOP) способствует гибели гепатоцитов за счет усиления передачи сигналов ERO1alpha при острой печеночной недостаточности. Biochem J. (2015) 466:369–78. дои: 10.1042/BJ20140412

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

24. Sanchez-Lopez E, Zimmerman T, Gomez del Pulgar T, Moyer MP, Lacal Sanjuan JC, Cebrian A. Ингибирование киназы холина вызывает обострение стресса эндоплазматического ретикулума и запускает апоптоз через CHOP в раковых клетках. Дис. клеточной смерти. (2013) 4:e933. doi: 10.1038/cddis.2013.453

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

25.Lim YJ, Choi JA, Lee JH, Choi CH, Kim HJ, Song CH. Mycobacterium tuberculosis Антиген массой 38 кДа индуцирует стресс-опосредованный апоптоз эндоплазматического ретикулума через толл-подобный рецептор 2/4. Апоптоз (2015) 20:358–70. doi: 10.1007/s10495-014-1080-2

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

26. Lim YJ, Choi JA, Choi HH, Cho SN, Kim HJ, Jo EK, et al. Опосредованный стрессом эндоплазматического ретикулума апоптоз в макрофагах способствует выживанию Mycobacterium tuberculosis. PLoS ONE (2011) 6:e28531. doi: 10.1371/journal.pone.0028531

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

27. Рон Д., Хабенер Дж. Ф. CHOP, новый ядерный белок, регулируемый развитием, который димеризуется с факторами транскрипции C/EBP и LAP и действует как доминантно-негативный ингибитор транскрипции генов. Гены Дев. (1992) 6:439–53. doi: 10.1101/gad.6.3.439

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

28.Yao Y, Lu Q, Hu Z, Yu Y, Chen Q, Wang QK. Неканонический путь регулирует передачу сигналов стресса ER и блокирует апоптоз, вызванный стрессом ER, и сердечную недостаточность. Нац.коммун. (2017) 8:133. doi: 10.1038/s41467-017-00171-w

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

30. Michel S, Canonne M, Arnould T, Renard P. Ингибирование экспрессии митохондриального генома запускает активацию CHOP-10 посредством клеточной передачи сигналов, зависящей от интегрированной реакции на стресс, но не от реакции митохондриального развернутого белка. Митохондрия (2015) 21:58–68. doi: 10.1016/j.mito.2015.01.005

Полнотекстовая перекрестная ссылка | Академия Google

31. Han J, Back SH, Hur J, Lin YH, Gildersleeve R, Shan J, et al. Индуцированная ER-стрессом регуляция транскрипции увеличивает синтез белка, что приводит к гибели клеток. Nat Cell Biol. (2013) 15:481–90. дои: 10.1038/ncb2738

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

32. Harding HP, Zhang Y, Zeng H, Novoa I, Lu PD, Calfon M, et al.Интегрированная реакция на стресс регулирует метаболизм аминокислот и устойчивость к окислительному стрессу. Mol Cell (2003) 11:619–33. doi: 10.1016/S1097-2765(03)00105-9

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

33. Liu ZX, Shi Q, Song XF, Wang YX, Wang YW, Song EQ и др. Активация каскада транскрипционного фактора 4 (ATF4)-ATF3-C/EBP гомологичного белка (CHOP) играет существенную роль в вызванной стрессом ER сенсибилизации клеток PC12, зараженных тетрахлорбензохиноном, к АФК-опосредованному апоптозу посредством передачи сигналов рецептора смерти 5 (DR5). Chem Res Toxicol. (2016) 29:1510–8. doi: 10.1021/acs.chemrestox.6b00181

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

34. Chen Y, Gui D, Chen J, He D, Luo Y, Wang N. Понижающая регуляция пути PERK-ATF4-CHOP с помощью астрагалозида IV связана с ингибированием апоптоза подоцитов, вызванного стрессом эндоплазматического ретикулума, у крыс с диабетом. . Cell Physiol Biochem. (2014) 33:1975–87. дои: 10.1159/000362974

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

35.Цао Дж., Дай Д.Л., Яо Л., Ю. Х. Х., Нин Б., Чжан К. и др. Индукция насыщенными жирными кислотами стресса эндоплазматического ретикулума и апоптоза в клетках печени человека через сигнальный путь PERK/ATF4/CHOP. Mol Cell Biochem. (2012) 364:115–29. doi: 10.1007/s11010-011-1211-9

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

36. Ye J, Rawson RB, Komuro R, Chen X, Dave UP, Prywes R, et al. Стресс ER индуцирует расщепление связанного с мембраной ATF6 теми же протеазами, которые процессируют SREBP. Mol Cell (2000) 6:1355–64. doi: 10.1016/S1097-2765(00)00133-7

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

37. Senkal CE, Ponnusamy S, Bielawski J, Hannun YA, Ogretmen B. Антиапоптотическая роль C16-церамида, генерируемого церамид-синтазой-6, посредством селективной регуляции ATF6/CHOP звена путей ER-реакции на стресс. FASEB J. (2010) 24:296–308. doi: 10.1096/fj.09-135087

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

38.Xu W, Gao L, Li T, Zheng J, Shao A, Zhang J. Apelin-13 Облегчает раннее повреждение головного мозга после субарахноидального кровоизлияния за счет подавления стресс-опосредованного апоптоза эндоплазматического ретикулума и нарушения гематоэнцефалического барьера: возможное участие ATF6/CHOP путь. Неврология (2018) 388: 284–96. doi: 10.1016/j.neuroscience.2018.07.023

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

39. Йошида Х., Окада Т., Хейз К., Янаги Х., Юра Т., Негиши М. и др. ATF6, активированный протеолизом, связывается в присутствии NF-Y (CBF) непосредственно с цис-действующим элементом, ответственным за ответ развернутого белка млекопитающих. Мол клеточный биол. (2000) 20:6755–67. doi: 10.1128/MCB.20.18.6755-6767.2000

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

41. Han D, Lerner A, Vande Walle L, Upton J, Xu W, Hagen A, et al. Режимы активации киназы IRE1alpha контролируют альтернативные выходы эндорибонуклеазы, чтобы определить расходящиеся клеточные судьбы. Cell (2009) 138:562–75. doi: 10.1016/j.cell.2009.07.017

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

42.Yoshida H, Matsui T, Yamamoto A, Okada T, Mori K. мРНК XBP1 индуцируется ATF6 и сплайсируется IRE1 в ответ на стресс ER с образованием высокоактивного фактора транскрипции. Cell (2001) 107:881–91. doi: 10.1016/S0092-8674(01)00611-0

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

43. Хетц С., Мартинон Ф., Родригес Д., Глимчер Л.Х. Реакция развернутого белка: интеграция сигналов стресса через датчик стресса IRE1alpha. Physiol Rev. (2011) 91:1219–43.doi: 10.1152/physrev.00001.2011

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

44. Madhusudhan T, Wang H, Dong W, Ghosh S, Bock F, Thangapandi VR, et al. Дефектная передача сигналов инсулина подоцитами через p85-XBP1 способствует ATF6-зависимому неадекватному ER-стрессовому ответу при диабетической нефропатии. Нац.коммун. (2015) 6:6496. doi: 10.1038/ncomms7496

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

45. Yang Y, Liu L, Naik I, Braunstein Z, Zhong J, Ren B.Гомологичный белок фактора транскрипции C/EBP в норме и при заболеваниях. Фронт Иммунол. (2017). 8:1612. doi: 10.3389/fimmu.2017.01612

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

46. Ким И., Сюй В., Рид Дж.К. Гибель клеток и стресс эндоплазматического ретикулума: актуальность заболевания и терапевтические возможности. Nat Rev Drug Discov. (2008) 7:1013–30. doi: 10.1038/nrd2755

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

47.Сари Ф.Р., Видьянторо Б., Тандавараян Р.А., Харима М., Лакшманан А.П., Чжан С. и др. Ослабление CHOP-опосредованного апоптоза миокарда у перегруженных давлением доминантно-отрицательных мышей с митоген-активируемой протеинкиназой p38alpha. Cell Physiol Biochem. (2011) 27:487–96. дои: 10.1159/000329970

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

48. Wang XZ, Ron D. Вызванное стрессом фосфорилирование и активация фактора транскрипции CHOP (GADD153) киназой p38 MAP. Наука (1996) 272:1347–9. doi: 10.1126/наука.272.5266.1347

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

49. Guo X, Meng Y, Sheng X, Guan Y, Zhang F, Han Z, et al. Туникамицин усиливает клетки рака толстой кишки человека до TRAIL-индуцированного апоптоза за счет опосредованной JNK-CHOP активации DR5 и ингибирования пути EGFR. Противораковые препараты (2017) 28:66–74. doi: 10.1097/CAD.0000000000000431

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

50.Ким Б.Дж., Рю С.В., Сонг Б.Дж. Опосредованное JNK- и р38-киназой фосфорилирование Bax приводит к его активации и митохондриальной транслокации, а также к апоптозу клеток гепатомы человека HepG2. J Biol Chem. (2006) 281:21256–65. doi: 10.1074/jbc.M510644200

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

52. Bromati CR, Lellis-Santos C, Yamanaka TS, Nogueira TC, Leonelli M, Caperuto LC, et al. UPR индуцирует временный всплеск апоптоза в островках крыс в начале лактации за счет снижения фосфорилирования AKT посредством стимуляции ATF4/CHOP экспрессии TRB3. Am J Physiol Regul Integr Comp Physiol. (2011) 300:R92–100. doi: 10.1152/ajpregu.00169.2010

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

53. Campos G, Schmidt-Heck W, Ghallab A, Rochlitz K, Putter L, Medinas DB, et al. Фактор транскрипции CHOP, центральный компонент регуляторной сети транскрипции, индуцируемый интоксикацией CCl4 в печени мышей, не является критическим медиатором гепатотоксичности. Арх Токсикол. (2014) 88:1267–80.doi: 10.1007/s00204-014-1240-8

Полнотекстовая перекрестная ссылка | Академия Google

55. Хата А.Н., Энгельман Дж.А., Фабер А.С. Семейство BCL2: ключевые медиаторы апоптотического ответа на таргетные противоопухолевые препараты. Рак Дисков. (2015) 5:475–87. doi: 10.1158/2159-8290.CD-15-0011

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

57. Maes ME, Schlamp CL, Nickells RW. BAX к основам: как семейство генов BCL2 контролирует гибель ганглиозных клеток сетчатки. Prog Retin Eye Res. (2017) 57:1–25. doi: 10.1016/j.preteyeres.2017.01.002

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

58. Ghosh AP, Klocke BJ, Ballestas ME, Roth KA. CHOP потенциально взаимодействует с FOXO3a в нейрональных клетках, чтобы регулировать экспрессию PUMA и BIM в ответ на стресс ER. PLoS ONE (2012) 7:e39586. doi: 10.1371/journal.pone.0039586

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

59.Галехдар З., Свон П., Фюрт Б., Каллаган С.М., Парк Д.С., Креган С.П. Апоптоз нейронов, индуцированный стрессом эндоплазматического ретикулума, регулируется ATF4-CHOP-опосредованной индукцией члена PUMA, состоящего только из гомологии Bcl-2 3. Дж. Неврологи. (2010) 30:16938–48. doi: 10.1523/JNEUROSCI.1598-10.2010

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

61. Цукано Х., Готох Т., Эндо М., Мията К., Тадзуме Х., Кадомацу Т. и другие. Апоптоз, опосредованный путем гомологичного белка эндоплазматического ретикулума C/EBP, опосредованный апоптозом в макрофагах, способствует нестабильности атеросклеротических бляшек. Артериосклеры Тромб Васк Биол. (2010) 30:1925–32. doi: 10.1161/ATVBAHA.110.206094

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

62. Тузлак С., Кауфманн Т., Виллангер А. Исследование значимости митохондриального апоптоза для развития позвоночных и гомеостаза постнатальной ткани. Гены Дев. (2016) 30:2133–51. doi: 10.1101/gad.289298.116

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

63. Wang W, Cheng J, Sun A, Lv S, Liu H, Liu X и ​​другие.TRB3 опосредует апоптоз клеток почечных канальцев, связанный с протеинурией. Clin Exp Med. (2015) 15:167–77. doi: 10.1007/s10238-014-0287-4

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

64. Израйлит Дж., Джайсвал А., Чжэн В., Моран М.Ф., Ридейк М. Клеточный стресс индуцирует TRB3/USP9x-зависимую активацию Notch при раке. Онкоген (2017) 36:1048–57. doi: 10.1038/onc.2016.276

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

65.Avery J, Etzion S, DeBosch BJ, Jin X, Lupu TS, Beitinjaneh B, et al. Функция TRB3 при стрессе сердечного эндоплазматического ретикулума. Цирк Рез. (2010) 106:1516–23. doi: 10.1161/CIRCRESAHA.109.211920

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

66. Morse E, Schroth J, You YH, Pizzo DP, Okada S, Ramachandrarao S, et al. TRB3 стимулируется в диабетических почках, регулируется маркером стресса ER CHOP и является супрессором подоцита MCP-1. Am J Physiol Renal Physiol. (2010) 299:F965–72. doi: 10.1152/ajprenal.00236.2010

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

67. Kopecka J, Salaroglio IC, Righi L, Libener R, Orecchia S, Grosso F, et al. Потеря C/EBP-beta LIP вызывает резистентность к цисплатину при злокачественной мезотелиоме плевры. Рак легких (2018) 120:34–45. doi: 10.1016/j.lungcan.2018.03.022

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

68. Zhang P, Sun Q, Zhao C, Ling S, Li Q, Chang YZ, et al.HDAC4 защищает клетки от апоптоза, вызванного стрессом ER, посредством взаимодействия с ATF4. Сотовый сигнал. (2014) 26:556–63. doi: 10.1016/j.cellsig.2013.11.026

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

69. Ohoka N, Yoshii S, Hattori T, Onozaki K, Hayashi H. TRB3, новый ген, индуцируемый стрессом ER, индуцируется посредством пути ATF4-CHOP и участвует в гибели клеток. EMBO J. (2005) 24:1243–55. doi: 10.1038/sj.emboj.7600596

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

70.Du K, Herzig S, Kulkarni RN, Montminy M. TRB3: гомолог трибблов, который ингибирует активацию Akt/PKB инсулином в печени. Наука (2003) 300:1574–7. doi: 10.1126/science.1079817

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

71. Li Y, Zhu D, Hou L, Hu B, Xu M, Meng X. TRB3 меняет устойчивость к химиотерапии и опосредует перекрестные помехи между стрессом эндоплазматического ретикулума и сигнальными путями AKT в клетках гепатоцеллюлярной карциномы человека MHCC97H. Онкол Летт. (2018) 15:1343–9. doi: 10.3892/ol.2017.7361

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

72. Datta SR, Dudek H, Tao X, Masters S, Fu H, Gotoh Y и другие. Akt-фосфорилирование BAD связывает сигналы выживания с внутренним механизмом гибели клеток. Cell (1997) 91:231–41. doi: 10.1016/S0092-8674(00)80405-5

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

73. Cravero JD, Carlson CS, Im HJ, Yammani RR, Long D, Loeser RF.Повышенная экспрессия ингибитора Akt/PKB TRB3 в остеоартритных хондроцитах ингибирует опосредованное инсулиноподобным фактором роста 1 выживание клеток и синтез протеогликанов. Ревматоидный артрит. (2009) 60:492–500. дои: 10.1002/арт.24225

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

74. Shimizu K, Takahama S, Endo Y, Sawasaki T. Индуцируемый стрессом субстрат каспазы TRB3 способствует ядерной транслокации прокаспазы-3. PLoS ONE (2012) 7:e42721.doi: 10.1371/journal.pone.0042721

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

75. Шан Ю.Ю., Ван Ч.Х., Чжан Л.П., Чжун М., Чжан И., Дэн Дж.Т. и др. TRB3, активируемый ox-LDL, опосредует апоптоз макрофагов, происходящий из моноцитов человека. Febs J. (2009) 276:2752–61. doi: 10.1111/j.1742-4658.2009.06998.x

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

76. Li T, Su L, Lei Y, Liu X, Zhang Y, Liu X. Белки DDIT3 и KAT2A регулируют экспрессию TNFRSF10A и TNFRSF10B в стресс-опосредованном апоптозе эндоплазматического ретикулума в клетках рака легких человека. J Biol Chem. (2015) 290:11108–18. doi: 10.1074/jbc.M115.645333

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

77. Chen P, Hu T, Liang Y, Li P, Chen X, Zhang J, et al. Ингибирование неддилирования активирует внешний путь апоптоза через ось ATF4-CHOP-DR5 в клетках рака пищевода человека. Clin Cancer Res. (2016) 22:4145–57. doi: 10.1158/1078-0432.CCR-15-2254

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

78.Эдагава М., Каваучи Дж., Хирата М., Гошима Х., Иноуэ М., Окамото Т. и др. Роль активации транскрипционного фактора 3 (ATF3) в стресс-индуцированной эндоплазматической сети (ER) сенсибилизации клеток рака толстой кишки человека с дефицитом p53 к фактору некроза опухоли (TNF), связанному с апоптоз-индуцирующим лигандом (TRAIL), опосредованному апоптозу посредством повышающей регуляции рецептора смерти 5 (DR5) церумбоном и целекоксибом. J Biol Chem. (2014) 289:21544–61. doi: 10.1074/jbc.M114.558890

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

79.Chang CC, Kuan CP, Lin JY, Lai JS, Ho TF. Таншинон IIA способствует сенсибилизации TRAIL путем усиления регуляции DR5 через сигнальную ось ROS-JNK-CHOP в клеточных линиях карциномы яичников человека. Chem Res Toxicol. (2015) 28:1574–83. doi: 10.1021/acs.chemrestox.5b00150

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

80. Jung KJ, Min KJ, Bae JH, Kwon TK. Карнозиновая кислота сенсибилизирует TRAIL-опосредованный апоптоз за счет подавления экспрессии c-FLIP и Bcl-2 на посттрансляционных уровнях и CHOP-зависимой повышающей регуляции экспрессии DR5, Bim и PUMA в клетках карциномы человека caki. Oncotarget (2015) 6:1556–68. doi: 10.18632/oncotarget.2727

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

81. Лу М., Лоуренс Д.А., Марстерс С., Акоста-Алвеар Д., Киммиг П., Мендес А.С. и соавт. Противоположные сигналы ответа развернутого белка сходятся на рецепторе смерти 5, чтобы контролировать апоптоз. Наука (2014) 345:98–101. doi: 10.1126/science.1254312

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

83. Chen BL, Sheu ML, Tsai KS, Lan KC, Guan SS, Wu CT, et al.Дефицит гомологичного белка, связывающего CCAAT-Enhancer, ослабляет окислительный стресс и ишемически-реперфузионное повреждение почек. Антиоксидный окислительно-восстановительный сигнал. (2015) 23:1233–45. doi: 10.1089/ars.2013.5768

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

84. Simmen T, Lynes EM, Gesson K, Thomas G. Окислительная укладка белка в эндоплазматическом ретикулуме: тесные связи с митохондриально-ассоциированной мембраной (MAM). Biochim Biophys Acta (2010) 1798:1465–73.doi: 10.1016/j.bbamem.2010.04.009

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

85. Gross E, Sevier CS, Heldman N, Vitu E, Bentzur M, Kaiser CA, et al. Ферментативное образование дисульфидов: продукты реакции и акцепторы электронов тиолоксидазы эндоплазматического ретикулума Ero1p. Proc Natl Acad Sci USA. (2006) 103: 299–304. doi: 10.1073/pnas.0506448103

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

86. Ramming T, Okumura M, Kanemura S, Baday S, Birk J, Moes S, et al.Тиол-дисульфидный переключатель, катализируемый PDI, регулирует выработку перекиси водорода человеческим Ero1. Free Radic Biol Med. (2015) 83:361–72. doi: 10.1016/j.freeradbiomed.2015.02.011

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

87. Li G, Mongillo M, Chin KT, Harding H, Ron D, Marks AR, et al. Роль ERO1-альфа-опосредованной стимуляции активности рецептора инозитол-1,4,5-трифосфата в апоптозе, вызванном стрессом эндоплазматического ретикулума. J Cell Biol. (2009) 186:783–92. doi: 10.1083/jcb.200

0

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

88. Li G, Scull C, Ozcan L, Tabas I. NADPH-оксидаза связывает стресс эндоплазматического ретикулума, окислительный стресс и активацию PKR, вызывая апоптоз. J Cell Biol. (2010) 191:1113–25. doi: 10.1083/jcb.201006121

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

89. Timmins JM, Ozcan L, Seimon TA, Li G, Malagelada C, Backs J, et al.Кальций/кальмодулинзависимая протеинкиназа II связывает стресс ER с путями Fas и митохондриального апоптоза. Дж Клин Инвест. (2009) 119:2925–41. дои: 10.1172/JCI38857

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

90. Песня Б., Шойнер Д., Рон Д., Пеннатур С., Кауфман Р.Дж. Делеция Chop уменьшает окислительный стресс, улучшает функцию бета-клеток и способствует выживанию клеток при множественных моделях диабета у мышей. Дж Клин Инвест. (2008) 118:3378–89.дои: 10.1172/JCI34587

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

91. Yin L, Dai Y, Cui Z, Jiang X, Liu W, Han F, et al. Регуляция клеточного апоптоза посредством пути PERK/EIF2alpha/chop, запускаемого АФК, играет жизненно важную роль в индуцированной бисфенолом А токсичности для мужской репродуктивной системы. Toxicol Appl Pharmacol. (2017) 314:98–108. doi: 10.1016/j.taap.2016.11.013

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

92. Marciniak SJ, Yun CY, Oyadomari S, Novoa I, Zhang Y, Jungreis R, et al.CHOP вызывает смерть, стимулируя синтез и окисление белка в стрессовом эндоплазматическом ретикулуме. Гены Дев. (2004) 18:3066–77. doi: 10.1101/gad.1250704

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

93. Лю CL, He YY, Li X, Li RJ, He KL, Ван LL. Ингибирование серин/треониновой протеинфосфатазы PP1 защищает кардиомиоциты от индуцированного туникамицином апоптоза и I/R за счет усиления p-eIF2alpha. Int J Med. (2014) 33:499–506.doi: 10.3892/ijmm.2013.1603

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

95. Mihailidou C, Chatzistamou I, Papavassiliou AG, Kiaris H. Повышение эффективности химиотерапевтических препаратов при стрессе эндоплазматического ретикулума. Endocr Relat Cancer (2015) 22:229–38. DOI: 10.1530/ERC-15-0019

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

96. Gupta MK, Tahrir FG, Knezevic T, White MK, Gordon J, Cheung JY, et al. Bag5, взаимодействующий с GRP78, отвечает на стресс ER и защищает кардиомиоциты от апоптоза, вызванного стрессом ER. J Cell Biochem. (2016) 117:1813–21. doi: 10.1002/jcb.25481

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

97. Bruchmann A, Roller C, Walther TV, Schafer G, Lehmusvaara S, Visakorpi T, et al. Ассоциированный с Bcl-2 атаноген 5 (Bag5) сверхэкспрессируется при раке предстательной железы и ингибирует апоптоз, вызванный ER-стрессом. BMC Рак (2013) 13:96. дои: 10.1186/1471-2407-13-96

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

98.Maiuri MC, Zalckvar E, Kimchi A, Kroemer G. Самопоедание и самоубийство: взаимосвязь между аутофагией и апоптозом. Nat Rev Mol Cell Biol. (2007) 8:741–52. doi: 10.1038/nrm2239

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

99. Rouschop KM, van den Beucken T, Dubois L, Niessen H, Bussink J, Savelkouls K, et al. Реакция развернутого белка защищает опухолевые клетки человека во время гипоксии посредством регуляции генов аутофагии MAP1LC3B и ATG5. Дж Клин Инвест. (2010) 120:127–41. дои: 10.1172/JCI40027

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

100. B’Chir W, Maurin AC, Carraro V, Averous J, Jousse C, Muranishi Y, et al. Путь eIF2alpha/ATF4 необходим для индуцированной стрессом экспрессии генов аутофагии. Рез. нуклеиновых кислот. (2013) 41:7683–99. doi: 10.1093/nar/gkt563

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

101. Kong FJ, Ma LL, Guo JJ, Xu LH, Li Y, Qu S.Путь стресса/аутофагии эндоплазматического ретикулума вовлечен в индуцированный диабетом апоптоз нейронов и снижение когнитивных функций у мышей. Clin Sci (Лондон). (2018) 132:111–25. дои: 10.1042/CS20171432

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

102. Ogbechi J, Hall BS, Sbarrato T, Taunton J, Willis AE, Wek RC, et al. Ингибирование Sec61-зависимой транслокации миколактоном разъединяет интегрированную реакцию на стресс со стрессом ER, вызывая цитотоксичность посредством трансляционной активации ATF4. Дис. клеточной смерти. (2018) 9:397. doi: 10.1038/s41419-018-0427-y

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

103. Shimodaira Y, Takahashi S, Kinouchi Y, Endo K, Shiga H, Kakuta Y, et al. Модуляция стресс-индуцированной аутофагии эндоплазматического ретикулума (ER) гомологичным белком C/EBP (CHOP) и инозитол-требующим ферментом 1альфа (IRE1alpha) в клетках рака толстой кишки человека. Biochem Biophys Res Commun. (2014) 445:524–33. doi: 10.1016/j.bbrc.2014.02.054

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

105. B’Chir W, Chaveroux C, Carraro V, Averous J, Maurin AC, Jousse C, et al. Двойная роль CHOP в перекрестных помехах между аутофагией и апоптозом для определения клеточной судьбы в ответ на лишение аминокислот. Сотовый сигнал. (2014) 26:1385–91. doi: 10.1016/j.cellsig.2014.03.009

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

106. Li S, Kong L, Yu X. Растущая роль стресса эндоплазматического ретикулума в репликации и патогенезе вируса. Crit Rev Microbiol. (2015) 41:150–64. дои: 10.3109/1040841X.2013.813899

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

107. Zhou Y, Qi B, Gu Y, Xu F, Du H, Li X, et al. Цирковирус свиней 2 использует путь PERK и GRP78 для его усиленной репликации в клетках PK-15. Вирусы (2016) 8:56. дои: 10.3390/v8020056

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

108. Чжоу Ю.С., Гу И.С., Ци Б.З., Чжан Ю.К., Ли С.Л., Фанг В.Х.Капсидный белок свиного цирковируса типа 2 индуцирует развернутый белковый ответ с последующей активацией апоптоза. J Zhejiang Univ Sci B (2017) 18:316–23. doi: 10.1631/jzus.B1600208

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

109. Ляо Ю., Фунг Т.С., Хуан М., Фанг С.Г., Чжун Ю., Лю Д.С. Повышающая регуляция CHOP/GADD153 во время инфекции вируса инфекционного бронхита, вызванного коронавирусом, модулирует апоптоз, ограничивая активацию киназного пути, регулируемого внеклеточным сигналом. Дж Вирол. (2013) 87:8124–34. doi: 10.1128/ОВИ.00626-13

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

110. Чжун Ю., Ляо Ю., Фанг С., Там Дж. П., Лю Д. С. Повышающая регуляция Mcl-1 и Bak при коронавирусной инфекции клеток человека, птиц и животных модулирует апоптоз и репликацию вируса. PLoS ONE (2012) 7:e30191. doi: 10.1371/journal.pone.0030191

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

111. Wang Y, Wang R, Li Y, Sun Y, Song C, Zhan Y, et al.Вирус болезни Ньюкасла вызывает остановку клеточного цикла G0/G1 в асинхронно растущих клетках. Вирусология (2018) 520:67–74. doi: 10.1016/j.virol.2018.05.005

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

112. Medigeshi GR, Lancaster AM, Hirsch AJ, Briese T, Lipkin WI, Dephilippis V, et al. Заражение вирусом Западного Нила активирует реакцию развернутых белков, что приводит к индукции CHOP и апоптозу. Дж Вирол. (2007) 81:10849–60. doi: 10.1128/ОВИ.01151-07

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

113. Cai Z, Shen L, Ma H, Yang J, Yang D, Chen H, et al. Вовлечение опосредованной стрессом эндоплазматического ретикулума активации гомологичного белка C / EBP при остром вирусном миокардите, вызванном вирусом Коксаки B3. Сердечная недостаточность. (2015) 8:809–18. doi: 10.1161/CIRCHEARTFAILURE.114.001244

Реферат PubMed | Полнотекстовая перекрестная ссылка

114. Су Х.Л., Ляо К.Л., Линь Ю.Л. Инфицирование вирусом японского энцефалита инициирует стресс эндоплазматического ретикулума и реакцию развернутых белков. Дж Вирол. (2002) 76:4162–71. doi: 10.1128/ОВИ.76.9.4162-4171.2002

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

115. Huang M, Xu A, Wu X, Zhang Y, Guo Y, Guo F, et al. Вирус японского энцефалита индуцирует апоптоз по пути IRE1/JNK в ответ на стресс ER в клетках BHK-21. Арх Вирол. (2016) 161:699–703. doi: 10.1007/s00705-015-2715-5

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

116. Ма Р., Ян Л., Ню Ф., Бух С.ВИЧ Tat-опосредованная индукция апоптоза эндотелиальных клеток микрососудов головного мозга человека включает стресс эндоплазматического ретикулума и митохондриальную дисфункцию. Мол Нейробиол. (2016) 53:132–42. doi: 10.1007/s12035-014-8991-3

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

117. Shah A, Vaidya NK, Bhat HK, Kumar A. gp120 ВИЧ-1 индуцирует запрограммированную гибель клеток типа 1 посредством стресса ER с использованием путей IRE1alpha, JNK и AP-1. Научный представитель (2016) 6:18929.дои: 10.1038/srep18929

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

118. Seimon TA, Kim MJ, Blumenthal A, Koo J, Ehrt S, Wainwright H, et al. Индукция ER стресса в макрофагах туберкулезных гранулем. PLoS ONE (2010) 5:e12772. doi: 10.1371/journal.pone.0012772

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

119. Akazawa Y, Isomoto H, Matsushima K, Kanda T, Minami H, Yamaghchi N, et al. Стресс эндоплазматического ретикулума способствует апоптозу, индуцированному Helicobacter pylori VacA. PLoS ONE (2013) 8:e82322. doi: 10.1371/journal.pone.0082322

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

120. Zhu P, Xue J, Zhang ZJ, Jia YP, Tong YN, Han D, et al. Helicobacter pylori VacA индуцирует аутофагическую гибель клеток эпителия желудка посредством стрессового пути эндоплазматического ретикулума. Дис. клеточной смерти. (2017) 8:3207. doi: 10.1038/s41419-017-0011-x

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

121.Ли С.И., Ли М.С., Черла Р.П., Теш В.Л. Шига-токсин 1 индуцирует апоптоз посредством стрессовой реакции эндоплазматического ретикулума в моноцитарных клетках человека. Клеточная микробиология. (2008) 10:770–80. doi: 10.1111/j.1462-5822.2007.01083.x

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

122. Ли М.С., Черла Р.П., Лейва-Илладес Д., Теш В.Л. Bcl-2 регулирует начало апоптоза, индуцированного шига-токсином 1, в клетках THP-1. Заразить иммунн. (2009) 77:5233–44. doi: 10.1128/IAI.00665-09

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

123. Park JY, Jeong YJ, Park SK, Yoon SJ, Choi S, Jeong DG, et al. Шига-токсины индуцируют апоптоз и стресс ER в клетках пигментного эпителия сетчатки человека. Токсины (2017) 9:E319. doi: 10.3390/toxins

19

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

124. Фунг Т.С., Ляо Ю., Лю Д.С. Сенсор стресса эндоплазматического ретикулума IRE1alpha защищает клетки от апоптоза, вызванного вирусом коронавирусного инфекционного бронхита. Дж Вирол. (2014) 88:12752–64. doi: 10.1128/ОВИ.02138-14

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

125. Zhang HM, Ye X, Su Y, Yuan J, Liu Z, Stein DA, et al. Коксакивирусная инфекция B3 активирует реакцию развернутых белков и индуцирует апоптоз посредством подавления p58IPK и активации CHOP и SREBP1. Дж Вирол. (2010) 84:8446–59. doi: 10.1128/ОВИ.01416-09

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

126.Liu Z, Zhang HM, Yuan J, Ye X, Taylor GA, Yang D. Связанная с иммунитетом GTPase Irgm3 снимает стрессовую реакцию эндоплазматического ретикулума во время инфекции вирусом Коксаки B3 через PI3K/Akt-зависимый путь. Клеточная микробиология. (2012) 14:133–46. doi: 10.1111/j.1462-5822.2011.01708.x

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

127. Амброуз Р.Л., Маккензи Дж.М. Вирус Западного Нила по-разному модулирует реакцию развернутого белка, чтобы облегчить репликацию и уклонение от иммунитета. Дж Вирол. (2011) 85:2723–32. doi: 10.1128/ОВИ.02050-10

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

129. Cui Y, Zhao D, Barrow PA, Zhou X. Реакция эндоплазматического ретикулума на стресс: связь с туберкулезом? Туберкулез (Эдинбург, Шотландия) (2016) 97:52–6. doi: 10.1016/j.tube.2015.12.009

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

130. Choi HH, Shin DM, Kang G, Kim KH, Park JB, Hur GM, et al.Реакция эндоплазматического ретикулума на стресс участвует в апоптозе, опосредованном белком ESAT-6 Mycobacterium tuberculosis . ФЭБС Письмо. (2010) 584:2445–54. doi: 10.1016/j.febslet.2010.04.050

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

131. Деррик С.К., Моррис С.Л. Белок ESAT6 Mycobacterium tuberculosis индуцирует апоптоз макрофагов путем активации экспрессии каспазы. Клеточная микробиология. (2007) 9:1547–55. дои: 10.1111/j.1462-5822.2007.00892.x

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

132. Ли М.С., Черла Р.П., Ленц Э.К., Лейва-Илладес Д., Теш В.Л. Передача сигналов через гомологичный белок C/EBP и рецептор смерти 5, а также активация кальпаина по-разному регулируют апоптоз, зависимый от созревания клеток THP-1, индуцированный шига-токсином типа 1. Infect Immun. (2010) 78:3378–91. doi: 10.1128/IAI.00342-10

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

133.Кубильос-Руис Дж. Р., Беттиголе С. Е., Глимчер Л. Х. Туморогенные и иммунодепрессивные эффекты стресса эндоплазматического ретикулума при раке. Cell (2017) 168: 692–706. doi: 10.1016/j.cell.2016.12.004

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

134. Wang HQ, Du ZX, Zhang HY, Gao DX. Различная индукция GRP78 и CHOP как предиктор чувствительности к ингибиторам протеасом в клетках рака щитовидной железы. Эндокринология (2007) 148:3258–70. doi: 10.1210/en.2006-1564

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

135. Battson ML, Lee DM, Jarrell DK, Hou S, Ecton KE, Phan AB, et al. Тауроурсодезоксихолевая кислота снижает жесткость артерий и улучшает дисфункцию эндотелия у мышей с диабетом 2 типа. J Vasc Res. (2017) 54:280–7. дои: 10.1159/000479967

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

136. Ding W, Wang B, Zhang M, Gu Y. Вовлечение стресса эндоплазматического ретикулума в уремическую кардиомиопатию: защитные эффекты тауроурсодезоксихолевой кислоты. Cell Physiol Biochem. (2016) 38:141–52. дои: 10.1159/000438616

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

137. Дромпарис П., Паулин Р., Стенсон Т.Х., Хароми А., Сутендра Г., Мичелакис Э.Д. Ослабление стресса эндоплазматического ретикулума как новая терапевтическая стратегия при легочной гипертензии. Тираж (2013) 127:115–25. doi: 10.1161/РАСПИСАНИЕAHA.112.133413

Реферат PubMed | Полнотекстовая перекрестная ссылка

CHOP: индексирование пути с учетом гаплотипа в графах населения | Genome Biology

Везде мы рассматриваем графики популяций, построенные из вариаций, называемых на выборку (гаплотип) относительно линейного эталонного генома.Эти вариации закодированы в графе таким образом, что узлы представляют последовательности, а ребра представляют наблюдаемые последовательные последовательности (раздел «Методы»). CHOP облегчает выравнивание чтения с графиком, которое подробно представлено в разделе «Методы». Вкратце, CHOP преобразует граф населения в нулевой граф (граф без ребер) с помощью серии операций, состоящих из трех шагов: свернуть, расширить и дублировать, так что узлы в нулевом графе содержат каждую подстроку длины k . происходящие из закодированных исходных гаплотипов в графе населения.Затем можно использовать установленные выравниватели (здесь мы использовали BWA) для выравнивания считываний с этими нулевыми последовательностями узлов графа. Впоследствии эти выравнивания можно спроецировать обратно на граф популяции, учитывая, что отображение последовательностей узлов в нулевом графе известно в графе популяции (рис. 1).

Рис. 1

Схематический обзор того, как CHOP выравнивает чтения с графом населения. a В качестве входных данных CHOP принимает графическое представление трех различных гаплотипов (I, II, III).Цветные пути на графике идентифицируют основные гаплотипы. b CHOP разлагает граф на нулевой граф (граф, лишенный ребер) для подстрок длины 4 (дополнительный файл 1: на рисунке S1 приведены подробные сведения о разложении). Полученный нулевой граф содержит три узла, а последовательность, заданная на этих узлах, покрывает все подстроки длины 4, встречающиеся в гаплотипах, закодированных в графе. Аннотации над каждым узлом относятся к интервалам внутри узлов входного графа. c Прочтения (длиной 4) из нового гаплотипа (IV) можно сопоставить с нулевым графом; следовательно, несоответствие может быть вызвано нагромождением чтения. d С помощью прикрепленных определений интервалов, назначенных нулевому графу, новый вариант может быть расположен на узле 8 исходного графа. Включение этого варианта приводит к новому графику

Выравнивание графика оценки

Чтобы оценить CHOP и его применимость в выравнивании графика популяции, мы сначала провели тесты на Mycobacterium tuberculosis (MTB) с использованием выравнивателя считывания BWA-0.7.15-МЭМ [31]. MTB представляет собой хорошую модель для графов населения, учитывая высокую точность доступных сборок, управляемый размер генома (4,4 Мб) и ограниченную степень вариации. Из наборов данных KRITh2 и KRITh3 [34, 35] было получено четыреста один вариантный набор вызовов (файлы VCF) из разных штаммов (выборок) MTB. Варианты называли относительно эталонного генома h47Rv с использованием Pilon-1.22 [36] и фильтровали для исключения низкокачественных вариантов. Для построения графика мы использовали стратегию исключения одного, при которой 1 образец был удален из файла VCF, содержащего все 401 образец.Прочитанный набор удаленного образца впоследствии использовался для выравнивания графика. Это было повторено с 10 случайно выбранными образцами. Соответствующие односторонние наборы считываний были получены от EBI-ENA (дополнительный файл 1: раздел 2). Чтобы исследовать, как введение большего количества вариантов влияет на выравнивание графика, мы постепенно включали больше образцов (из полного набора) в построенные графики, до 17 500 вариантов в графике из 400 образцов (скорость роста вариантов показана в дополнительном файле 1). : Рисунок S2).

Поскольку достоверность геномных позиций в данных набора прочтений неизвестна, мы оценивали выравнивания на основе следующих критериев: количество несовпадений, вставок, делеций, усеченных оснований, невыровненных прочтений и идеально выровненных прочтений (определения в дополнительном файле 1 : Раздел 4). Эти критерии позволили нам проверить поведение различных выравнивателей считывания. Во избежание систематической ошибки, вызванной множественными возможными выравниваниями для одного чтения, мы рассматривали только первичные выравнивания.

Чтобы оценить наш подход, основанный на гаплотипах, мы сравнили CHOP с vg-1.12.1 с гаплотипированием (обозначается как vg+GBWT) и без. Инструментарий vg предоставляет общие решения для графов населения, включая построение графов, индексирование и выравнивание чтения. CHOP был настроен на отчет о путях гаплотипов длиной 101 (эквивалентно длине чтения) и использовал параметры по умолчанию с BWA-MEM. vg был настроен на индексацию всех путей длиной 104 ( k = 13, 3 шага удвоения), чтобы наиболее точно отразить настройки CHOP.

Поскольку CHOP использует BWA в качестве выравнивателя, а vg имеет собственный внутренний выравниватель, могут возникнуть различия, основанные на выравнивателе, а не на алгоритме индексирования.Чтобы понять различия, вызванные выравниванием и параметрами, мы сначала суммировали результаты десяти удерживаемых образцов линейного эталонного генома, показанные в таблице 1 для BWA и vg. Оба элайнера дали почти одинаковое количество идеально выровненных прочтений. Однако выравнивание с vg привело к меньшему количеству невыровненных чтений (- 22,30 % ) и большему количеству несоответствий (+ 4,01 % ), чем BWA. Мы приписываем эту разницу увеличению чувствительности, по которой vg выравнивает чтения. Это отражено в увеличении количества обрезанных баз (+ 22,00).79 % ), вставленные основания (+ 29,36 % ) и удаленные основания (+ 34,53 % ), что позволяет vg выравнивать более короткие прочитанные фрагменты.

Таблица 1 Среднее значение результатов выравнивания по всем 10 выравниваниям удерживаемых образцов с (1) эталонным геномом h47Rv (столбцы h47Rv) и (2) графиком геномов 400 MTB (столбцы графика) как для CHOP/BWA, так и для vg с и без гаплотипирования для выравнивания прочтений (обратите внимание, что при выравнивании только по h47Rv CHOP не используется)

Используя эти измерения в качестве исходных, выравнивание прочтений с графиками сравнивали между CHOP/BWA и vg.Было обнаружено, что различные построения графиков CHOP и vg оказывают минимальное влияние на выравнивание, как показано в дополнительном файле 1: рисунки S5 и S6. На рис. 2 показано увеличение числа идеально выровненных прочтений с использованием как CHOP/BWA, так и vg по мере включения в график большего количества образцов (аналогичные графики количества невыровненных прочтений и несоответствий можно найти в дополнительном файле 1: рисунки S7 и S8). В таблице 1 показаны результаты выравнивания для графика MTB с 400 образцами.

Рис. 2

Идеально выровненный подсчет прочтений для выравнивания SRR833154 с популяционными графами разного размера, содержащий от 0 (только h47Rv, линейный эталон) до 400 образцов для обоих, при использовании CHOP/BWA и vg с гаплотипированием и без него для выравнивания считывает график

На рисунке 2 показано, что включение большего количества вариаций из выборок в графики населения увеличивает количество выровненных оснований, что дополнительно продемонстрировано в дополнительном файле 1: рисунки S7 и S8.Разброс является следствием выборки при построении графиков совокупности, где выборки, тесно связанные с удерживаемой выборкой, дадут большее улучшение, чем отдаленно связанные выборки, что дополнительно демонстрируется уменьшением разброса по мере увеличения размера выборки.

Сравнивая vg и vg+GBWT, можно наблюдать эффекты гаплотипирования, отмечая снижение числа выровненных прочтений. Этого следовало ожидать, поскольку индексное пространство было ограничено только гаплотипами.

Базовые выравнивания по h47Rv уже показали, что выравниватели работают по-разному.Однако в ходе экспериментов почти все критерии выравнивания показывают одинаковую тенденцию как для CHOP/BWA, так и для vg. Исключением является количество невыровненных чтений, которое неуклонно уменьшается с vg, тогда как при использовании CHOP/BWA это не так заметно. Чтобы лучше разобраться в характерных для элайнеров различиях CHOP/BWA и vg, мы напрямую сравнили CHOP и vg+GBWT, сопоставив нулевые графики CHOP с помощью vg (обозначаемого как CHOP/vg), как описано в дополнительном файле 1: раздел 7. Мы обнаружили, что, хотя мы наблюдаем различия в выравнивании между CHOP/BWA и vg+GBWT, они просто вызваны различиями в выравнивателях.Это было подтверждено при сравнении vg+GBWT с CHOP/vg, которые показали почти идентичные выравнивания (дополнительный файл 1: таблица S2). В качестве альтернативы, различия в выравнивании между CHOP/BWA и vg+GBWT можно свести к минимуму путем оптимизации параметров элайнеров, поскольку мы использовали только настройки по умолчанию для обоих.

В аналогичных условиях мы сравнили HiSat2 (дополнительный файл 1: раздел 8), результаты показаны в таблице 1. Хотя HiSat2 выравнивается намного быстрее, чем CHOP/BWA и vg(+GBWT), это может быть связано с его более низкой чувствительностью , имея гораздо больше невыровненных чтений как в базовой линии, так и в выравнивании графика.Удивительно, но количество невыровненных прочтений увеличивается в выравниваниях графов относительно линейного генома, а количество непервичных выравниваний уменьшается. Это может указывать на то, что не вся последовательность в графе проиндексирована.

В совокупности эти эксперименты ясно показывают, что, когда все больше геномов заполняет граф вариаций, (1) можно выровнять больше прочтений (с меньшим количеством несовпадений), (2) ограничение выравнивания гаплотипом не оказывает неблагоприятного влияния на выравнивание и (3) ), что оба выравнивателя с ограничением по гаплотипу (CHOP и vg+GBWT) работают одинаково (как и ожидалось).

Чешуя CHOP для

Homo sapiens

Для дальнейшей оценки масштабируемости и чувствительности CHOP мы использовали хромосому 6 (170 Мб) сборки GRC37 в сочетании с данными об вариациях фазы 3 1000 геномов [33]. Построенный граф имеет 14 744 119 узлов и 19 770 411 ребер и кодирует в общей сложности 5 023 970 вариантов (4 800 102 SNP, 97 923 вставки и 125 945 удалений). Обратите внимание, что набор вариаций включал диплоидную стадию 2504 особей, которая была включена в график как 5008 путей (2 пути на образец) и дополнительно 1 путь, представляющий эталонный геном.В популяции наибольшая вариация (58,42 % ) приходится как минимум на 2 или более выборок (дополнительный файл 1: рисунок S9). Мы использовали 15 наборов односторонних прочтений из фазы 3 исследования 1000 геномов для сопоставления графиков (дополнительный файл 1: таблица S4), которые были отфильтрованы, чтобы включить только чтения, выровненные по хромосоме 6, или которые не могли быть выровнены где-либо в геноме (среднее значение чтения установить размер 3 026 069).

CHOP был настроен на отчет о путях длиной 100 по графу, чтобы соответствовать длине чтения, что дало 11 359 686 узлов в G E .Использование памяти и время, затраченное на индексирование, преобладали над CHOP, на индексирование BWA приходилось только 6,95 % времени индексирования и часть требуемой памяти. Мы попытались индексировать с помощью vg и vg+GBWT пути до 104 п.н. ( k = 13, 3 шага удвоения), но это не было завершено из-за нехватки памяти (500 ГБ). Вместо этого удвоение было снижено до 2, а пути до 52 п.н. были проиндексированы. При включении гаплотипирования в vg для индексирования требуется значительно больше времени (в 6 раз больше), чем для индексирования без гаплотипирования, тогда как использование памяти остается постоянным.Наборы для чтения были выровнены как по линейному эталону хромосомы 6, так и по графическому представлению с использованием CHOP/BWA, vg или vg+GBWT, что обобщено в таблице 2.

Таблица 2 Среднее значение результатов выравнивания 15 образцов из данных 1000 геномов при выравнивании с (1) эталонной последовательностью генома хромосомы 6 (столбец GRC37) и (2) графиком популяции, созданным из 5008 гаплотипов, для обоих CHOP/ BWA и vg с гаплотипированием и без него

Мы наблюдали такое же улучшение при переходе к графическому представлению, как и в MTB, хотя и более обширное, учитывая, что в граф включено больше вариантов, включая вставки.

Учитывая различную длину используемых путей, нельзя напрямую сравнивать время между CHOP/BWA и vg. Тем не менее, неясно, почему для выравнивания vg потребовалось значительно больше времени, чем для CHOP/BWA, особенно при выравнивании по линейному эталону. Различия (относительно MTB) между vg и vg+GBWT стали более заметными, учитывая, что на график включено больше образцов. Обратите внимание, что vg+GBWT медленнее, чем vg, как при индексации, так и при выравнивании. Это связано с тем, что индекс GBWT, используемый в vg+GBWT, создается и используется вместе с индексами GCSA2 и xg, которые уже присутствуют в vg.Таким образом, преимущество индекса GBWT заключается в первую очередь в исправлении процесса выравнивания путем добавления ограничений гаплотипов.

Мы наблюдали существенные различия между CHOP/BWA, vg и vg+GBWT в отношении уменьшения невыровненных прочтений - 0,23 % по сравнению с - 12,06 % и - 9,69 % , а также увеличения отсечения прочтений + 2,46 % против 23,46 % и 19,89 % соответственно. Чтобы оценить эту разницу, вызванную выравнивателем, мы извлекли все чтения, которые выровнены исключительно по графику, что составило 21 661 прочтение в CHOP/BWA и 616 900 в vg.Дополнительный файл 1: на рисунке S10 показано распределение количества выровненных оснований для каждого из этих чтений. Почти все (97,61 % ) недавно выровненных прочтений с помощью vg имели длину от 15 до 30 оснований, вызванных либо отсечением, либо обширной вставкой/удалением оснований. Тем не менее, от 30 оснований и выше элайнеры показывают очень похожие профили с сопоставимым количеством новых прочтений. На уровне 69 п.н. оба выравнивателя отображают пик, все вновь выровненные чтения, соответствующие этому пику, выровнены по одной и той же области на графике.Эта область очень похожа на митохондриальную ДНК человека, которая была исключена из первоначальных эталонных выравниваний. Это привело к увеличению количества невыровненных прочтений митохондриального секвенирования в наборе данных, которые были выровнены с графиком (дополнительный файл 1: раздел 11).

Путем имитации считывания данных хромосомы 6 мы измерили точность сопоставления с графиками и линейными эталонами. Мы заметили, что путем построения графиков из подмножеств доступных вариантов (выбранных на основе частоты аллеля в популяции) эффективность выравнивания может быть улучшена (дополнительный файл 1: раздел 12).Мы наблюдали аналогичные улучшения при сопоставлении прочтений с графиком, построенным из альтернативных аллелей области MHC хромосомы 6 (дополнительный файл 1: раздел 13).

Кроме того, мы сравнили CHOP/BWA с Graphtyper (дополнительный файл 1: раздел 14). Поскольку основной целью Graphtyper является генотипирование и вызов вариантов (и, следовательно, не вывод выравниваний), мы также вызывали варианты из выравниваний CHOP/BWA. Хотя Graphtyper не обнаружил никаких новых вариантов при выравнивании считываний из образца HG00308 с графиком хромосомы 6 1000G, он обнаружил варианты генотипа (144 800 из 5M после фильтрации).Напротив, CHOP/BWA обнаружил 1212 вариантов, из которых 57 остались после качественной фильтрации. Обратите внимание, что вариант, вызывающий вывод CHOP/BWA, был более чем на 2 порядка быстрее, чем Graphtyper, при использовании на порядок меньше памяти.

Нам не удалось проиндексировать график с HiSat2 из-за чрезмерного использования памяти (200 ГБ за 709 с) и мы пришли к выводу, что он не масштабируется для графиков населения такой сложности (дополнительный файл 1: раздел 8). Мы также сравнили данные со средством выравнивания для длительного чтения GraphAligner (дополнительный файл 1: раздел 15), и результаты показаны в таблице 2.Обратите внимание, что GraphAligner оптимизирован для длинных операций чтения и может давать неоптимальные результаты при использовании коротких операций чтения. GraphAligner смог проиндексировать и выровнять график хромосомы 6 1000G со временем выравнивания, близким к CHOP/BWA. Однако статистика выравнивания, как и в случае HiSat2 для MTB, показывает нелогичное уменьшение количества выровненных прочтений при выравнивании по графику 1000G вместо линейного генома.

Чтобы лучше понять практические ограничения CHOP, мы проиндексировали представленные ранее графики для различных значений k (дополнительный файл 1: раздел 16), где мы отмечаем приблизительно линейный рост времени индексирования и использования памяти.Кроме того, мы дополнительно сравнили CHOP и vg+GBWT, используя смоделированные графы вариаций с разной степенью вариации, количеством закодированных геномов и общими вариациями между геномами при заданных ограничениях памяти и времени (дополнительный файл 1: раздел 17). На рис. 3 показаны различия во времени индексации CHOP и vg+GBWT для смоделированных графов с выборками, каждая из которых кодирует 1000 вариантов. Мы показываем, что CHOP индексирует быстрее и эффективнее, чем vg+GBWT, и может обрабатывать более сложные графы (CHOP может индексировать 92.75% всех смоделированных графиков, тогда как vg+GBWT удалось проиндексировать 79,28%). Рисунок 3 Окрашивание указывает на разные вероятности совместного использования вариантов в моделируемой популяции. Например, с вероятностью 5% 95% всех вариаций выборки будут уникальными для этой конкретной выборки, а оставшаяся часть будет использоваться совместно с 1 или несколькими другими выборками.Отсутствующие точки на графиках указывают на то, что индексация не удалась из-за превышения 4 часов времени вычислений или пикового объема памяти 80 ГБ. Более подробную информацию можно найти в дополнительном файле 1: Раздел 17

Наконец, мы выполнили выравнивание полного генома человека. Мы построили графики каждой хромосомы, закодированной с вариантами, как сообщалось в фазе 3 проекта «1000 геномов». В совокупности эти графики имеют 248 677 280 узлов и 33 3561 973 ребра и кодируют в общей сложности 84 745 123 варианта (81 382 582 SNP и 3 362 541 индел).Мы проиндексировали графики как с CHOP для путей длиной 100, так и с vg+GBWT для путей длиной 52; пиковое использование памяти и время, необходимое для индексации, представлены на рис. 4. Обратите внимание, что хромосомы 1, 2, 11 и X не могут быть проиндексированы с помощью vg+GBWT из-за сложности графа (иногда более 50 вариантов в 50-битное окно), что приводит к чрезмерному использованию памяти (>   500 ГБ) или использованию диска (>   6 ТБ), более подробная информация в дополнительном файле 1: раздел 18. Чтобы иметь возможность обрабатывать эти хромосомы, графики должны быть упрощены до к индексации.Индексирование с помощью CHOP дало 103 509 254 узла в G E , что увеличило общее пространство последовательностей в 14 раз. Мы снова использовали BWA и сопоставили образец ERR052836 как с линейным эталонным геномом, так и с графиком, где мы отметили увеличение времени выравнивания считывания с графиком в 2–3 раза (с 13 704 до 37 826 с) по сравнению с линейным геномом.

Рис. 4

Пиковый объем памяти и время, необходимое для индексации хромосом человека с использованием CHOP и vg+GBWT.Хромосомы упорядочены в соответствии с относительными различиями между CHOP и vg+GBWT. Хромосомы 1, 2, 11 и X зачеркнуты для vg, поскольку у них закончились ограничения памяти (>   500 ГБ) или ограничения дискового пространства (>   6 ТБ)

Функции фактора транскрипции гомологичного белка C/EBP (CHOP) in Эндоплазматический ретикулум Индуцированный стрессом апоптоз и микробная инфекция

Регуляторный путь выше по течению CHOP

В клетках существует ряд точных механизмов, которые обеспечивают правильную укладку и сборку внутриклеточных белков.Таким образом, только правильно свернутые белки могут транспортироваться из ЭР для выполнения своих функций. При нормальной физиологии CHOP повсеместно экспрессируется на очень низких уровнях (27). Однако патологические состояния или микробная инфекция, вызванные стрессом ER, являются подавляющими, экспрессия CHOP резко возрастает и активируется апоптоз, и этот процесс может происходить в самых разных клетках (27, 28). Эти процессы в основном регулируются тремя факторами, включая протеинкиназу, РНК-подобную киназу эндоплазматического ретикулума (PERK), активирующий транскрипционный фактор 6 (ATF6) и инозитол-требующий белок 1 (IRE1) (11).

PERK

PERK — это трансмембранный белок и важный сенсор, который участвует в UPR, ослабляя трансляцию белка и регулируя окислительный стресс (29). Несвернутые белки в ER стимулируют олигомеризацию PERK и аутофосфорилирование и могут фосфорилировать эукариотический фактор инициации трансляции 2α (eIF2α) (29). Фосфорилирование eIF2α способствует транскрипции ATF4, которая конвергентна на промоторах генов-мишеней, включая CHOP, GADD34 и ATF3 (1, 30, 31).Исследования показывают, что клетки PERK -/- и ATF4 -/- , а также клетки с нокаутом eIF2α (Ser51Ala) не могут индуцировать CHOP во время стресса ER (32). Считается, что сигнальный путь PERK/ATF4/CHOP играет ключевую роль в индукции клеточного апоптоза, как in vitro , так и in vivo (33-35). Однако исследования показывают, что CHOP может не полностью вызывать гибель клеток, и что для индукции гибели клеток требуется взаимодействие CHOP и ATF4 (31).

ATF6

ATF6 представляет собой трансмембранный белок.При стрессе ER ATF6 перемещается в компартмент Гольджи, где он расщепляется и активируется (36). Когда ATF6 активируется, он перемещается в ядро ​​​​в виде гомо- или гетеродимера и взаимодействует с элементами ответа ATF / cAMP и элементами ответа на стресс ER (1). Такие комплексы связывают промоторы нескольких генов, участвующих в UPR (таких как CHOP, GRP78, XBP1), и индуцируют транскрипцию генов-мишеней (37, 38). Наряду с XBP1(s), ATF6 способствует увеличению размера ER и способности фолдинга белка ER через гены-мишени.ATF6 может активировать транскрипцию как CHOP, так и XBP-1, в то время как XBP-1 также может регулировать экспрессию CHOP. Таким образом, ATF6 может взаимодействовать с XBP-1 для активации CHOP (39).

IRE1

IRE1 представляет собой трансмембранный белок, содержащий два функциональных домена, включая N-концевой люминальный сенсорный домен и C-концевой цитозольный эффектор (40). IRE1 содержит активности протеинкиназы и эндорибонуклеазы. Несвернутые белки в ER стимулируют олигомеризацию и аутофосфорилирование IRE1α, что активирует эндорибонуклеазную активность (41).После активации IRE1α сплайсирует интроны мРНК предшественника субстрата, XBP-1, с образованием зрелого и активного белка XBP-1 (42, 43). Затем активный белок связывает промоторы нескольких генов, участвующих в UPR и ERAD, и регулирует экспрессию генов (таких как CHOP) для восстановления белкового гомеостаза. Таким образом, экспрессия CHOP может повышаться с помощью XBP1(s) (44–46). IRE1α может стимулировать активацию апоптотической сигнальной киназы-1 (ASK1), которая затем активирует нижележащие киназы, Jun-N-концевую киназу (JNK) и митоген-активируемую протеинкиназу p38 (p38 MAPK), которые вызывают апоптоз (40). ).Семейство киназ P38 MAP фосфорилирует Ser78 и Ser81 CHOP, что вызывает клеточный апоптоз (47, 48). Более того, во время индуцированного туникамицином апоптоза ингибитор JNK, SP600125, может подавлять активацию CHOP и последующую экспрессию рецептора смерти 5 (DR5), указывая на то, что активация JNK также участвует в модуляции CHOP (49). JNK и p38 MAPK также могут способствовать фосфорилированию и активации проапоптотического белка BAX для регуляции клеточного апоптоза (50). Таким образом, CHOP может взаимодействовать с JNK и p38 MAPK для регуляции клеточного апоптоза (выходящие регуляторные пути CHOP суммированы на рис. 1).

Верхний регуляторный путь CHOP. Три сигнальные ветви UPR ведут к транскрипции CHOP. Активированный PERK фосфорилирует eIF2α, что приводит к трансляции ATF4. Впоследствии ATF4 перемещается в ядро, что увеличивает экспрессию CHOP и ATF3. Затем CHOP и ATF3 связываются с промоторами нижестоящих генов. ATF6 перемещается в аппарат Гольджи, где активируется путем протеолиза. Активированный ATF6 транскрипционно повышает экспрессию CHOP. Кроме того, ATF6 может регулировать XBP-1 для активации CHOP.С одной стороны, активация IRE1α обрабатывает несплайсированную мРНК XBP1 с образованием активированных XBP1(s), которые проникают в ядро ​​и контролируют экспрессию CHOP. С другой стороны, IRE1α активирует апоптотическую сигнальную киназу 1 (ASK1), которая, в свою очередь, фосфорилирует p38MAPK и JNK для активации CHOP.

Нижний регуляторный путь CHOP

CHOP индуцирует апоптоз посредством митохондриально-зависимого пути

Различные восходящие проапоптотические сигналы действуют на митохондриальную мембрану.Активные белки семейства BCL2 образуют белковые каналы в митохондриальной мембране, а открытие митохондриального PT-отверстия позволяет апоптотически активным веществам (таким как цитохром с, Smac и др.) высвобождаться в цитоплазму (51). Такие события вызывают активацию нижестоящих белков семейства каспаз и их действие на соответствующие субстраты, что приводит к апоптозу.

В качестве транскрипционного фактора CHOP может регулировать экспрессию многих антиапоптотических и проапоптотических генов, включая гены, кодирующие белки семейства BCL2, GADD34, TRB-3 и DOC (52, 53).В CHOP-индуцированном пути апоптоза CHOP регулирует семейство белков BCL2. Семейство BCL2 состоит из 25 членов, которые имеют до четырех общих консервативных мотивов, известных как домены гомологии BCL2 (Bh2-4) (54). Семейство белков BCL2 можно разделить на две категории: антиапоптотические белки и проапоптотические белки (55). Антиапоптотические белки в основном включают BCL2, BCL-XL, MCL-1 и BCL-W, в то время как проапоптотические белки можно разделить на две категории: мультидоменные и Bh4-доменные белки (56, 57).Мультидоменные белки включают BAK, BAX и BOK, в то время как доменные белки только Bh4 включают BID, BIM, BAD, BIK, NOXA и PUMA (58, 59). Белки, содержащие только Bh4, регулируют клеточный апоптоз главным образом путем ингибирования экспрессии антиапоптотического белка BCL2 или стимулирования экспрессии мультидоменных белков, таких как BAX (60).

При стрессе ER CHOP может функционировать либо как активатор транскрипции, либо как репрессор. Он образует гетеродимеры с другими транскрипционными факторами семейства C/EBP посредством взаимодействий с доменом bZIP, чтобы ингибировать экспрессию генов, реагирующих на транскрипционные факторы семейства C/EBP, одновременно усиливая экспрессию других генов, содержащих специфический цис-действующий элемент размером 12–14 п.н. 19).CHOP может подавлять экспрессию BCL2, BCL-XL и MCL-1 и повышать экспрессию BIM, вызывая повышенную экспрессию BAK и BAX (60, 61). После олигомеризации BAX-BAK олигомеры вызывают высвобождение факторов апоптоза, таких как цитохром с (Cyt-C) и фактор, индуцирующий апоптоз (AIF), посредством проницаемости митохондрий, что в конечном итоге вызывает гибель клеток (62).

TRB3 представляет собой внутриклеточную псевдокиназу, которая модулирует активность каскада передачи сигнала и строго регулируется во многих клетках (63, 64).Исследования показали, что в условиях гипоксии и стресса ER в несердечных клетках TRB3 увеличивает свою экспрессию (65). Во время стресса ER TRB3 активируется транскрипционным фактором, индуцируемым стрессом ER, ATF4-CHOP (66). CHOP взаимодействует с TRB3, что способствует индукции апоптоза (67, 68). Сайт связывания CHOP перекрывается с аминокислотными ответными элементами в промоторе TRB3, и за их взаимодействие ответственны специфические области в CHOP и TRB3 (69). Экспрессия TRB3 может ингибировать активность AKT и обладает проапоптотической способностью (70, 71).AKT напрямую модулирует экспрессию каспазы-3 и каспазы-9, а также митохондриальных проапоптотических белков, BAX и BAD (72). TRB3 также может ингибировать антиапоптотическую активность AKT путем ингибирования фосфорилирования сайтов Ser473 и Thr308 AKT (63, 73). Повышение экспрессии TRB3 может сопровождаться активацией каспазы-3, тем самым усиливая апоптоз. Вмешательство в экспрессию TRB3 частично ослабляет активность каспазы-3 (74, 75), и, следовательно, CHOP также регулирует апоптоз, повышая экспрессию гена TRB3 и прямо или косвенно влияя на активность каспазы (эндогенный путь — пути индуцированного апоптоза представлены на рисунке ).

Функции CHOP при апоптозе, индуцированном эндогенным путем. CHOP запускает внутренний путь апоптоза посредством ингибирования BCL-2, BCL-XL, MCL-1 и усиления BIM, который регулирует BAX-BAK-опосредованную пермеабилизацию наружной мембраны митохондрий. Это приводит к высвобождению цитохрома с и каспазному каскаду. Bag5 может снижать экспрессию CHOP и повышать экспрессию гена Bcl-2. CHOP также может регулировать апоптоз клеток, повышая экспрессию гена TRB3, предотвращая фосфорилирование Akt, которое ингибирует активность каспаз-3/9.

CHOP индуцирует апоптоз посредством пути рецептора смерти

Гибель клеток, вызванная стрессом ER, также может быть опосредована экзогенными путями. Опосредованный рецептором смерти апоптоз происходит за счет лигандов смерти (Fas, TNF и TRAIL) в сочетании с рецепторами смерти. Рецепторный белок, Fas-ассоциированный белок домена смерти, рекрутируется для формирования индуцирующего гибель сигнального комплекса, который активирует цитозольную каспазу-8, которая затем активирует расположенную ниже каспазу, вызывая апоптоз.

Путь PERK-ATF4-CHOP может индуцировать апоптоз путем связывания с рецептором смерти и усиления экспрессии рецептора смерти 4 (DR4) и DR5.CHOP регулирует DR4 или DR5, или оба DR4 и DR5, чтобы вызвать апоптоз, в зависимости от различных типов клеток и стимула. Рецепторы смерти TRAIL-R1/DR4 могут активироваться стрессом ER. CHOP взаимодействует с фосфорилированным транскрипционным фактором JUN с образованием комплекса, который связывается с промоторной областью DR4 в клетках рака легкого (76). В гигантских нейрональных клетках головного мозга (GCN5) N-концевой домен CHOP взаимодействует с фосфорилированным JUN с образованием комплекса, который регулирует экспрессию DR4 и DR5 (76).CHOP также повышает экспрессию DR5 путем связывания с 5′-областью гена DR5 (77). ATF3 также участвует в опосредовании продукции DR5. В модели клеток рака толстой кишки, в которой ген p53 делетирован, ген ATF3, участвующий в ER, также участвует в опосредовании продукции DR5 (78).

Исследования показывают, что передача сигналов CHOP-DR5 повышает чувствительность некоторых раковых клеток, подвергшихся химическому воздействию, к внешнему апоптозу, опосредованному активными формами кислорода (АФК), in vitro (79, 80). Если стресс ER необратим, функция PERK-CHOP будет сохраняться, позволяя мРНК DR5 повышаться.Накопление DR5 в ER и Golgi может управлять лиганд-независимой мультимеризацией длинных вариантов сплайсинга рецептора смерти 5 (DR5L). DR5L ускоряет образование вызывающего смерть сигнального комплекса (DISC) и активирует каспазу-8 (81). Активация каспазы-8 может также расщеплять BID, находящийся в цитоплазме, в tBID. tBID обладает мощной проапоптотической активностью и может воздействовать на митохондриальные мембраны с помощью BAK и BAX, которые вызывают высвобождение Cyt-C. Впоследствии это приводит к апоптозу посредством экзогенного и эндогенного путей (82) (пути апоптоза, индуцированные экзогенным путем, суммированы на рис. 1).

Функции CHOP при апоптозе, индуцированном экзогенным путем. CHOP запускает внешний путь апоптоза посредством активации DR4 и DR5. PERK может индуцировать экспрессию ATF4, что приводит к экспрессии CHOP и ATF3. Затем CHOP и ATF3 связываются с промоторами генов DR4 и DR5, повышая их экспрессию. TRAIL в сочетании с DR4 и DR5 регулирует каскад, опосредованный каспазой 8, который активирует каспазу 3/7, что приводит к апоптозу. С другой стороны, Bid расщепляется на tBid.Затем tBid регулирует BAX-BAK-опосредованные пути митохондриального апоптоза.

CHOP индуцирует апоптоз другими путями

В дополнение к опосредованию апоптоза эндогенными и экзогенными путями CHOP также опосредует апоптоз другими путями. CHOP может увеличивать экспрессию гена ERO1α (ER редуктазы), который катализирует окисление протеиндисульфидизомеразы (PDI), что приводит к продукции H 2 O 2 в ER. Сильно окисленное состояние ER (22, 83) приводит к утечке H 2 O 2 в цитоплазму, вызывает продукцию АФК и ряд апоптотических и воспалительных реакций (84–86).

Высокие концентрации АФК в просвете ЭПР активируют канал высвобождения ионов кальция IP3R1, позволяя ионам кальция проникать в цитозоль. Цитоплазматический кальций способствует АФК путем активации кальций-чувствительной киназы, CaMKII (кальций-зависимой протеинкиназы) и NOX2, субъединицы НАДФН-оксидазы на клеточной мембране. Затем эти факторы способствуют транскрипции CHOP, что приводит к апоптозу (87). Это путь положительной обратной связи. Путь CHOP-CaMKII также активирует JNK, который участвует в апоптозе, вызванном стрессом ER, путем индукции экспрессии Fas, NOX2 и окислительного стресса (88, 89).В некоторых моделях диабета делеция CHOP может ингибировать апоптоз бета-клеток поджелудочной железы и обеспечивает защитный механизм для снижения продукции ERO1α, что впоследствии снижает маркеры окислительного стресса и экспрессию антиоксидантных генов (90). Более того, поглотители АФК могут ослаблять экспрессию белков, связанных с путем PERK/eIF2α/CHOP (91).

Ген CHOP также напрямую активирует GADD34 (белок повреждения ДНК), который соединяется с белком фосфатазой 1 (PP1) и дефосфорилирует eIF2α, что приводит к восстановлению трансляции белка и увеличению стресса ER и клеточного апоптоза (92, 93).При стрессе ER клетки с мутациями GADD34 могут значительно снижать образование белковых комплексов по сравнению с нормальными клетками.

Сверхэкспрессия CHOP может привести к остановке клеточного цикла и апоптозу клеток. В то же время CHOP-индуцированный апоптоз также может вызывать гибель клеток путем ингибирования экспрессии регуляторного белка клеточного цикла p21. Белок р21 не только ингибирует фазу G1 клеточного цикла, но и имеет тесную связь с активностью преапоптотических факторов.Таким образом, взаимосвязь между CHOP и p21 может объяснить изменения в состоянии клетки от адаптации к стрессу ER до преапоптотической активности (94, 95).

В большинстве случаев CHOP может напрямую связываться с промоторами нижестоящих родственных генов, тогда как при определенных условиях CHOP может взаимодействовать с другими факторами транскрипции, чтобы влиять на апоптоз. Недавние исследования показали, что связанный с Bcl-2 атаноген 5 (Bag5) сверхэкспрессируется при раке предстательной железы и ингибирует апоптоз, вызванный стрессом ER.Сверхэкспрессия Bag5 приводит к снижению экспрессии CHOP и BAX и увеличению экспрессии гена Bcl-2 (96). Сверхэкспрессия Bag5 ингибирует апоптоз, вызванный стрессом ER в UPR, путем подавления PERK-eIF2-ATF4 и усиления активности IRE1-Xbp1 (97).

Сообщалось также, что CHOP регулирует экспрессию белков, содержащих только Bh4, путем взаимодействия с FOXO3A (в нервных клетках, обработанных туникамицином) и комплексным белком AP-1, cJUN, что приводит к его фосфорилированию. Нокдаун CHOP предотвращает дефосфорилирование нижележащей мишени FOXO3a (Thr32) (58).

Синоптически CHOP-зависимый апоптоз в основном опосредуется прямым или косвенным изменением экспрессии проапоптотических или антиапоптотических генов. В совокупности пути апоптоза опосредованы нижестоящими мишенями CHOP; однако механизмы молекулярного взаимодействия, с помощью которых это происходит, еще предстоит понять.

Функции CHOP во время апоптоза и аутофагии

Аутофагия — это система лизосомной деградации, включающая деградацию и переработку устаревших, поврежденных или вредных цитоплазматических материалов и органелл.Аутофагия обычно предшествует апоптозу при клеточных стрессах, и программа апоптоза активируется, когда такие стрессы превышают критическую продолжительность или порог интенсивности (98). Здесь мы описываем важную роль CHOP в апоптозе, вызванном стрессом ER. Недавние исследования идентифицировали CHOP как прямой регулятор многочисленных генов, участвующих в аутофагическом процессе, способствующем выживанию (99, 100). CHOP участвует в аутофагии, вызванной аминокислотным голоданием, стрессом ER и инфекцией микроорганизмами (101, 102).Исследования показали, что нокдаун CHOP не только усиливает индуцированную туникамицином аутофагию, но также значительно ослабляет апоптоз, вызванный стрессом ER, в клетках рака толстой кишки человека. Более того, CHOP модулирует индукцию аутофагосом во время стресса ER, о чем свидетельствует ингибирование экспрессии LC3-II и точек GFP-LC3B (103). Другое исследование также показало, что UPR-активированная СНОР вызывает полное созревание аутолизосом во время индуцированной вирусом гепатита С аутофагии посредством LC3B-II-зависимого механизма (104).Во время аминокислотного голодания и стресса ER CHOP может повышать экспрессию генов, связанных с аутофагией, в начале, тогда как на более поздних стадиях голодания CHOP может ингибировать возникновение аутофагии и постепенно инициировать апоптоз (105). Следовательно, CHOP играет ключевую роль в переключении между апоптозом и аутофагией.

Гомологический белок C/EBP (CHOP) взаимодействует с активирующим фактором транскрипции 4 (ATF4) и отрицательно регулирует стресс-зависимую индукцию гена аспарагинсинтетазы

https://doi.org/10.1074/jbc.M806874200Получить права и содержание

Гомологический белок C/EBP (CHOP), фактор транскрипции, индуцированный стрессом, участвует в регуляции транскрипции, клеточном цикле и апоптозе. Настоящие исследования идентифицировали CHOP как взаимодействующий партнер активирующего фактора транскрипции (ATF) 4 в двухгибридном скрининге дрожжей и подтвердили их взаимодействие в клетках HEK293T. Уровни белка CHOP умеренно и кратковременно повышались во время депривации аминокислот, тогда как стресс эндоплазматического ретикулума вызывал гораздо более высокую и устойчивую экспрессию белка CHOP.Экзогенная экспрессия CHOP усиливала индукцию гена TRB3 за счет лишения аминокислот. И наоборот, CHOP подавлял индукцию гена эндогенной аспарагинсинтетазы ( ASNS ) и ингибировал транскрипцию репортерного гена, управляемого промотором ASNS , после активации ATF4 или аминокислотной депривации. Опосредованный короткой интерферирующей РНК нокдаун CHOP дополнительно усиливал индукцию ASNS либо за счет лишения аминокислот, либо за счет стресса эндоплазматического ретикулума.Для CHOP-зависимой репрессии гена ASNS требовался весь белок CHOP, что противоречит возможности простой секвестрации ATF4 доменом лейциновой молнии CHOP, а анализ иммунопреципитации хроматина показал связь CHOP с ASNS и TRB3 . промоутеры. Интересно, что иммунопреципитация хроматина также показала, что CHOP был связан с областями составного сайта C/EBP-ATF генов SNAT2 , VEGF и CAT-1 , несмотря на отсутствие значительного влияния на их экспрессию после экзогенной сверхэкспрессии CHOP.В совокупности результаты подтверждают, что CHOP является членом сети факторов транскрипции, которая контролирует индуцированную стрессом регуляцию специфических C/EBP-ATF-содержащих генов, таких как ASNS .

Рекомендуемые статьи

© 2008 ASBMB. В настоящее время издается Elsevier Inc.; первоначально опубликовано Американским обществом биохимии и молекулярной биологии.

Обновлены высота, планы и визуализация поверхности для стационарной башни CHOP в Юниверсити-Сити, Западная Филадельфия

В последние годы Детская больница Филадельфии находилась в процессе расширения своего кампуса Юниверсити-Сити за счет взноса в размере 3 долларов США.План развития на 4 миллиарда долларов, основная часть которого — это стационарная башня стоимостью 1,9 миллиарда долларов (также известная как Новая башня пациента), предложенная по адресу 515 Osler Circle. Недавно участник Philly YIMBY поделился парой новых визуализаций для проекта. Стационарная башня была спроектирована Ballinger с ZGF Architects (которая ранее объединилась с CHOP для разработки своего медицинского поведенческого подразделения) в качестве консультанта и архитекторов интерьеров / клинических. Кроме того, мы представляем отдельный комплект чертежей, состоящий из плана этажа и разреза здания, на которых показана обновленная высота конструкции и подробная программа строительства.Схемы показывают, что башня будет иметь высоту 434 фута и 23 этажа, а ее общая площадь составит 1,318 квадратных футов, что станет значительным дополнением к и без того впечатляющему медицинскому сектору Западной Филадельфии.

По словам представителей больницы, еще в начале 2020 года детская больница на 560 коек, которая обслуживает не только город Филадельфию, но и большой столичный регион, была практически перегружена. Стационарная башня CHOP увеличит количество коек в медицинском центре до 504, что почти удвоит текущие стационарные мощности больницы.

Стационарная башня CHOP. Кредит: Баллинджер

Базовый вид башни (как показано на ранее опубликованном изображении выше), которая также ранее упоминалась как Университетская городская башня CHOP, уже давно известна. Когда-то говорили, что предложение поднимается на 380 футов в высоту, что принесло ему восьмое место в нашем обратном отсчете на конец 2021 года, а также в нашем последующем выпуске Ultimate 2022 Philly Skyline Rundown. В то время мы предварительно указали адрес башни как 3401 Civic Center Boulevard.

Стационарная башня CHOP. Строительный раздел. Кредит: Баллинджер

Последний раздел здания показывает, что башня с изогнутыми краями возвышается на 419 футов до вершины главной крыши и на 434 фута до вершины своей переборки (любопытно, что место башни в нашем обратном отсчете по-прежнему остается восьмым).

На первых девяти этажах разместятся кардиологический центр, периоперационная/операционная, родильный дом, кабинет визуализации, аптека, кухня и Центр управления полетами. Структура будет соединена напрямую с главным корпусом и зданием детской больницы Бюргер.Как и в существующем здании больницы, в новой башне будет оборудована вертолетная площадка.

На верхних этажах будут установлены кровати для интенсивной терапии, предназначенные для обслуживания отделений интенсивной терапии, интенсивной терапии и интенсивной терапии. Этажи с 11 по 18 указаны как места для размещения пациентов, а этажи с 20 по 28 указаны как «этажи-оболочки», что соответствует более раннему описанию Inquirer, в котором говорится, что учреждение будет введено с 300 койками и местом для возможного размещения 200 человек. более. Для тех, кто следит, обратите внимание, что подсчет этажей пропускает пятый этаж (чтобы соответствовать этажам в больнице Бюргер), а также 13-й этаж.

Стационарная башня CHOP. Поэтажный план. Кредит: Баллинджер

Схемы показывают, что пациенты будут размещены в роскошных условиях, выходящих далеко за рамки стандартных больничных помещений. Типичные этажи будут подниматься на 18 футов в высоту, что примерно вдвое превышает высоту среднего жилого этажа. Палаты пациентов будут располагаться по периметру каждого этажа (с процедурными кабинетами, расположенными внутри громоздкой башни), что обеспечит достаточное количество дневного света и хороший обзор, а также широкие окна от пола до потолка.

Примечательно, что все новые койки планируется разместить в отдельных палатах, что важно не только для эмоционального благополучия пациентов и их семей, но и ограничивает риск передачи инфекционных заболеваний.

Судя по планам этажей, башня будет обслуживаться как минимум 21 лифтом и будет иметь несколько благоустроенных террас, площадь которых составит около 7000 квадратных футов, а возможно, и значительно больше.

В то время как новый рендеринг, представленный нашим автором, показанный в начале статьи, показывает, что дизайн остается таким же, как и раньше, он служит для того, чтобы подчеркнуть влияние, которое структура окажет на растущий Медицинский округ, который быстро расширяется на южная окраина Университетского города.

Район можно охарактеризовать как расположенный к югу от Еловой и Южной улиц вдоль набережной реки Шуйлкилл. Район, который уже может похвастаться горизонтом, плотно застроенным зданиями высотой около 300 футов, недавно был расширен за счет крупных дополнений, таких как недавно завершенный павильон Пенсильванского университета, а также строящийся Центр клинического сотрудничества CHOP. Но даже принимая во внимание значительную высоту и огромную площадь этих новых сооружений, стационарная башня CHOP затмит их всех, создав новый визуальный центр местного горизонта, расположенный прямо в центре района.Здание заменит шестиэтажный педиатрический амбулаторный центр Ричарда Д. Вуда в постмодернистском стиле, а также часть прилегающей площади Osler Plaza и подъездного прохода.

Стационарная башня CHOP. Кредит: Баллинджер

Как уже наверняка знают наши постоянные читатели, мы активно поддерживаем новую застройку по всей Филадельфии, если она не вытесняет какие-либо известные исторические постройки и поддерживается достаточной транзитной и социальной (образовательной, медицинской и т. д.) инфраструктурой. Новая стационарная башня CHOP — это как раз одно из таких усовершенствований инфраструктуры, которое эффективно использует вертикальное измерение в плотно застроенном районе для создания ультрасовременного медицинского пространства, которое будет служить нашему и будущим поколениям.

Подпишитесь на ежедневную электронную почту YIMBY

Следите за YIMBYgram, чтобы получать обновления фотографий в режиме реального времени
Нравится  YIMBY на Facebook
Следите за Twitter YIMBY, чтобы быть в курсе последних новостей YIMBYnews

3401 Civic Center Boulevard 515 Osler Circle Ballinger Чертежи Детская больница Филадельфии CHOP CHOP Стационарная башня CHOP New Patient Tower Планы этажей Высотный медицинский раздел Визуализации Университетский город Университетский город Медицинский округ Западная Филадельфия ZGF Architects

%PDF-1.4 % 90 0 объект > эндообъект 87 0 объект >поток 2022-04-02T13:53:44-07:002007-03-15T18:05:23+08:002022-04-02T13:53:44-07:00uuid:2915b3cb-4267-401e-9cbb-a6172af4c997uuid:4907a2b1- 1dd2-11b2-0a00-86e83ffapplication/pdfABBYY FineReader 8.0 Professional Edition конечный поток эндообъект 91 0 объект > эндообъект 84 0 объект > эндообъект 85 0 объект > эндообъект 86 0 объект > эндообъект 47 0 объект >/ProcSet[/PDF/Text/ImageB]/XObject>>>/Rotate 0/Tabs/S/Thumb 77 0 R/Type/Page>> эндообъект 51 0 объект >/ProcSet[/PDF/Text/ImageB]/XObject>>>/Rotate 0/Tabs/S/Thumb 78 0 R/Type/Page>> эндообъект 55 0 объект >/ProcSet[/PDF/Text/ImageB]/XObject>>>/Rotate 0/Tabs/S/Thumb 79 0 R/Type/Page>> эндообъект 59 0 объект >/ProcSet[/PDF/Text/ImageB]/XObject>>>/Rotate 0/Tabs/S/Thumb 80 0 R/Type/Page>> эндообъект 63 0 объект >/ProcSet[/PDF/Text/ImageB]/XObject>>>/Rotate 0/Tabs/S/Thumb 81 0 R/Type/Page>> эндообъект 123 0 объект >/ProcSet[/PDF/Text/ImageC]/XObject>>>/Type/Page>> эндообъект 135 0 объект [141 0 Ч 142 0 Ч 143 0 Ч 144 0 Ч 145 0 Ч 146 0 Ч] эндообъект 136 0 объект >поток д 287.5 0 0 75 156,75 681 см /Im0 Делать Вопрос БТ /T1_0 1 тс 10 0 0 10 312,6998 567,99979 Тм ( )Tj 0 0 1 рг -9,174 0 Тд (10.1101/гад.6.3.439)Тж 0 г -16,89598 0 тд (Доступ к самой последней версии на doi:)Tj 9,22699 1 тд ( )Tj /T1_1 1 тс -0,88899 0 тд (6:) ТДж /T1_0 1 тс -2,78 0 Тд (1992, )Тдж /T1_2 1 тс -5,558 0 Тд (Генес Дев.\240)Tj /T1_0 1 тс 0 1.00001 ТД (\240 )Tj 0 1 ТД (Д. Рон и Дж. Ф. Хабенер) Tj Т* (\240 )Tj /T1_1 1 тс 15 0 0 15 52 617,99994 Тм (доминантно-негативный ингибитор транскрипции гена.)Tj Т* (димеризуется с факторами транскрипции C/EBP и LAP и функционирует как )Tj Т* (CHOP, новый регулируемый в ходе развития ядерный белок, который)Tj ET 52 556 м 549 556 л 0 0 м С БТ ET БТ /T1_0 1 тс 11 0 0 11 136.942 524,99997 тм (\240 )Tj /T1_1 1 тс -5,11299 1 тд (Ссылки)Tj ET БТ /T1_0 1 тс 10 0 0 10 157 516,99994 Тм (\240 )Tj 28.33983 1 тд ( )Tj 0 0 1 рг /T1_1 1 тс -28,33983 0 Тд (http://genesdev.cshlp.org/content/6/3/439.full.html#ref-list-1)Tj 0 г /T1_0 1 тс 0 1.00001 ТД (В этой статье цитируется 41 статья, 21 из которых доступны бесплатно по адресу:)Tj ET БТ /T1_0 1 тс 11 0 0 11 136,942 494,99997 Тм (\240 )Tj /T1_1 1 тс -3,44598 1 тд (Лицензия)Tj ET БТ /T1_1 1 тс 11 0 0 11 100,86185 468,99997 Тм (Сервис)Tj -3.16599 1 тд (оповещение по электронной почте)Tj ET БТ /T1_0 1 тс 10 0 0 10 157 460,99994 Тм (\240 )Tj 17,39696 1 тд ( )Tj 0 0 1 рг /T1_1 1 тс -4,892 0 Тд (нажмите здесь.)Tj 0 г /T1_0 1 тс -12,50496 0 тд (правый угол статьи или )Tj Т* (Получайте бесплатные оповещения по электронной почте, когда новые статьи цитируют эту статью — зарегистрируйтесь \ в поле вверху)Tj ET 52 448 м 549 448 л 0 0 м С БТ ET д 468 0 0 60 66,5 108 см -1.00001 TL /Im1 Do Вопрос 52 68 м 549 68 л 0 0 м С БТ ET БТ /T1_0 1 тс 10 0 0 10 54 42 Тм (Авторское право \251 Cold Spring Harbour Laboratory Press)Tj ET БТ /T1_0 1 тс 8 0 0 8 491.63574 779 тм ( )Tj 0 0 1 рг -16,44997 0 тд (Лабораторный пресс Колд-Спринг-Харбор) Tj 0 г -14.17399 0 Тд ( 2 апреля 2022 г. — Опубликовано )Tj 0 0 1 рг -8,67099 0 тд (genesdev.cshLP.org)Tj 0 г -8,11399 0 Тд (Скачано с )Tj ET конечный поток эндообъект 139 0 объект >/Фильтр/FlateDecode/Высота 300/Длина 73148/Имя/X/Подтип/Изображение/Тип/XObject/Ширина 1150>>поток Hypq, lJjBa [email protected]бА «pRHB)CSJP(M`*jQC`Ӻ\=}Oaq’ٍ3~?ly|`#

RCSB PDB — 3W6X: Дрожжевая N-ацетилтрансфераза Mpr1 в комплексе с CHOP

Mpr1 (ген sigma1278b устойчивости к аналогу пролина 1), который первоначально был выделен как N-ацетилтрансфераза, детоксицирующая аналог пролина L-азетидин-2-карбоксилат, защищает клетки дрожжей от различных окислительных стрессов.Mpr1 опосредует метаболизм L-пролина и L-аргинина путем ацетилирования L-Δ(1)-пирролин-5-карбоксилата, что приводит к зависимой от L-аргинина выработке оксида азота, что обеспечивает устойчивость к окислительному стрессу …

Mpr1 (ген sigma1278b устойчивости к аналогу пролина 1), который первоначально был выделен как N-ацетилтрансфераза, детоксицирующая аналог пролина L-азетидин-2-карбоксилат, защищает дрожжевые клетки от различных окислительных стрессов. Mpr1 опосредует метаболизм L-пролина и L-аргинина путем ацетилирования L-Δ(1)-пирролин-5-карбоксилата, что приводит к зависимой от L-аргинина продукции оксида азота, что обеспечивает толерантность к окислительному стрессу.Mpr1 принадлежит к надсемейству Gcn5-родственных N-ацетилтрансфераз (GNAT), но демонстрирует плохую гомологию последовательностей с ферментами GNAT и уникальную субстратную специфичность. Здесь мы представляем рентгеновскую кристаллическую структуру Mpr1 и его комплекса с субстратом цис-4-гидрокси-L-пролином с разрешением 1,9 и 2,3 Å соответственно. Mpr1 уложен в α/β-структуру с восьмицепочечными смешанными β-листами и шестью α-спиралями. Субстрат связывается с Asn135 и амидом основной цепи Asn172 и Leu173, а предполагаемый сайт связывания ацетил-КоА расположен рядом с амидом основной цепи Phe138 и боковой цепью Asn178.Замена Asn178 на аланин, который может взаимодействовать с серой ацетил-КоА, вызвала значительное снижение кажущегося значения kcat. Замена Asn135 привела к заметному увеличению кажущегося значения Km. Эти результаты показывают, что Asn178 и Asn135 играют важную роль в катализе и узнавании субстрата соответственно. О таком каталитическом механизме не сообщалось в белках GNAT. Важно отметить, что аминокислотные замены в этих остатках увеличивали уровень L-Δ(1)-пирролин-5-карбоксилата в клетках дрожжей, подвергшихся тепловому стрессу, что указывает на то, что эти остатки также имеют решающее значение для их физиологических функций.Эти исследования показывают некоторые преимущества применения Mpr1, такие как разведение промышленных дрожжей и разработка противогрибковых препаратов.

Добавить комментарий

Ваш адрес email не будет опубликован.